使用VTK创建生物细胞的3D模型——我的第1篇博客

细胞在生物学中是一个常见的概念，它是构成生命体的基本单位。细胞结构复杂多样，但通常由细胞质、细胞膜和细胞核组成。而在计算机图形学中，我们可以使用VTK（Visualization Toolkit）来创建和展示生物细胞的三维模型。

下面是一个使用VTK创建简单细胞模型的Python代码。

注意需要先引入VTK库，安装VTK库。可以从官方网站（https://vtk.org/download/）下载预编译二进制文件或源代码进行安装。

首先，我们通过VTK创建外部细胞膜，即一个球体。我们调用vtkSphereSource()来创建一个球体，并使用SetThetaResolution()和SetPhiResolution()设置球体的细分程度。然后我们创建一个vtkPolyDataMapper来将球体数据映射到渲染窗口，接着使用vtkActor将渲染器中显示的对象与其属性关联起来。在这里我们选择灰色并减小了透明度。

接下来创建细胞核和液泡。跟细胞膜一样，我们调用vtkSphereSource()创建一个球体，分别表示细胞核和液泡。对于液泡，我们还通过vtkTransform()设置其位置。然后再将球体数据映射到vtkActor上。

为了生成完整的细胞模型，我们需要将上述创建的所有球体组合为一个PolyData。我们使用vtkAppendPolyData()来处理数据，并将数据映射到Actor上。

最后，我们设置相机和灯光的位置。在这个例子中，相机位于(1.5, 0.5, 3)，指向细胞质中心(0,0,0)。我们还创建了一个灯光以提高模型的可见性。

程序运行效果：

 

接下来请看完整的Python代码：

import vtk

# 创建外部细胞膜
sphere = vtk.vtkSphereSource()
sphere.SetThetaResolution(50)
sphere.SetPhiResolution(50)
sphere.SetRadius(1.0)

# 创建外壳材质和颜色
outer_mapper = vtk.vtkPolyDataMapper()
outer_mapper.SetInputConnection(sphere.GetOutputPort())

outer_actor = vtk.vtkActor()
outer_actor.SetMapper(outer_mapper)
outer_actor.GetProperty().SetColor(0.7, 0.7, 0.7)
outer_actor.GetProperty().SetOpacity(0.2)

# 创建细胞核
inner_sphere = vtk.vtkSphereSource()
inner_sphere.SetThetaResolution(50)
inner_sphere.SetPhiResolution(50)
inner_sphere.SetRadius(0.3)

# 创建液泡
vacuole_sphere = vtk.vtkSphereSource()
vacuole_sphere.SetThetaResolution(10)
vacuole_sphere.SetPhiResolution(10)
vacuole_sphere.SetRadius(0.15)

# 移动液泡的位置
vacuole_transform = vtk.vtkTransform()
vacuole_transform.Translate(0.5, 0.2, 0.5)

vacuole_transform_filter = vtk.vtkTransformPolyDataFilter()
vacuole_transform_filter.SetInputConnection(vacuole_sphere.GetOutputPort())
vacuole_transform_filter.SetTransform(vacuole_transform)

vacuole_mapper = vtk.vtkPolyDataMapper()
vacuole_mapper.SetInputConnection(vacuole_transform_filter.GetOutputPort())

vacuole_actor = vtk.vtkActor()
vacuole_actor.SetMapper(vacuole_mapper)
vacuole_actor.GetProperty().SetColor(1, 1, 0)
vacuole_actor.GetProperty().SetOpacity(0.5)

# 根据内壳生成圆球，表示细胞质
inner_sphere.SetCenter(0, 0, 0)
# 创建组合过的 PolyData
combine_filter = vtk.vtkAppendPolyData()
combine_filter.AddInputConnection(inner_sphere.GetOutputPort())
combine_filter.AddInputConnection(vacuole_transform_filter.GetOutputPort())
combine_filter.AddInputConnection(sphere.GetOutputPort())
combine_mapper = vtk.vtkPolyDataMapper()
combine_mapper.SetInputConnection(combine_filter.GetOutputPort())

# 创建内部 Actor 并将内部 PolyDataMapper 分配给它
inner_actor = vtk.vtkActor()
inner_actor.SetMapper(combine_mapper)
inner_actor.GetProperty().SetColor(1, 0.5, 0.5)
inner_actor.GetProperty().SetOpacity(0.2)

# 设置相机和灯光位置
camera = vtk.vtkCamera()
camera.SetPosition(1.5, 0.5, 3)
camera.SetFocalPoint(0, 0, 0)

light = vtk.vtkLight()
light.SetPosition(0, 0, 3)

# 渲染器和窗口
renderer = vtk.vtkRenderer()
renderer.AddActor(outer_actor)
renderer.AddActor(inner_actor)
renderer.AddActor(vacuole_actor)
renderer.SetActiveCamera(camera)
renderer.AddLight(light)

render_window = vtk.vtkRenderWindow()
render_window.AddRenderer(renderer)

interactor = vtk.vtkRenderWindowInteractor()
interactor.SetRenderWindow(render_window)
render_window.SetWindowName("saccharomyces")  # 设置窗口标题

# 渲染和交互
interactor.Initialize()
render_window.Render()
interactor.Start()

细胞模型现在已经完成了，我们可以将其导出为图片或视频，或者通过交互式操作来展示、观察。在本例中，我们使用vtkRenderWindowInteractor()启动交互式窗口，可以通过鼠标和键盘来操纵视角。

总之，使用VTK可以很方便地创建和展示生物细胞模型，这不仅可以是生物学研究的有用工具，也可以作为计算机图形学的一个有趣的项目。