Beta多样性分析：一句代码搞定CCA、DCA、DPCoA、MDS、NMDS、PCoA、RDA

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大家好，今天我将介绍如何使用R语言phyloseq包进行常见的beta多样性分析，并使用ggplot2包进行绘图展示。

相信大家在分析的过程中会遇到一个头疼的点：距离计算方法和beta多样性指数计算方法那么多，我该怎么计算？或者说用哪种指数进行分析后，样本区分度可以达到我的需求？

首先来看下chatGPT对于这七种多样性指数的解释：

1. CCA (Canonical Correspondence Analysis)：CCA是一种用于分析响应变量（通常是物种丰度数据）与解释变量（例如环境变量）之间关系的多变量技术。它旨在识别最大化响应变量与解释变量之间相关性的线性组合。

2. DCA (Detrended Correspondence Analysis)：DCA是一种用于排序和可视化生态数据的方法。通常应用于物种丰度数据，以探索样本或群落之间的差异。DCA试图展现数据中的梯度信息，并且可以显示数据中的非线性关系。

3. DPCoA (Double Principal Coordinate Analysis)：DPCoA是一种多元数据分析方法，类似于PCoA&#