相关性分析热图：ggplot2包绘制环境因子和物种相关性热图/气泡图

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大家好，今天我将介绍如何使用R语言进行环境因子和物种相关性分析，并使用ggplot2包绘制热图和气泡图，对相关性分析结果进行可视化展示。

相关性热图样式灵感来源于Microbiome杂志的一篇文章：

Step1：环境因子与物种数据相关性分析 

rm(list=ls())
pacman::p_load(tidyverse,reshape2,psych)

# 载入环境/物种数据
env <- read.delim('env_table.txt', sep = '\t', row.names = 1)
taxonomy <- read.delim('spe_table.txt', sep = '\t', row.names = 1)
env <- env[rownames(taxonomy), ]

# 执行相关性分析
r_result <- corr.test(taxonomy, env, method = 'spearman')

r <- 
  r_result$r %>% 
  melt() %>% 
  set_names(c('tax', 'Index', 'r'))

p <- 
  r_result$p %>% 
  melt() %>% 
  set_names(c('tax', 'Index', 'P_value')) %>% 
  mutate(P_value_sig = case_when(P_value > 0.05 ~ " ",
                             P_value <= 0.05 & P_value > 0.01 ~ "*",
                             P_value <= 0.01 & P_value > 0.001 ~ "**",
                             P_value <= 0.001 ~ "***",
                             TRUE ~ NA_character_))

data <- cbind(r,p) %>% select(-(4:5))
head(data)

 上述代码中：我们载入了需要的R包，并读取了环境因子和物种数据。然后，我们使用psych包的corr.test函数执行了相关性分析，并将结果保存在r_result变量中。接下来，我们整理了相关性和p值的数据，并根据P值的不同范围，构建“***”并使用标记；之后使用melt函数将数据进行重塑，以便后续的可视化处理。

Step2：所有样本整体相关性的热图简单展示

# 绘图主题
theme <- theme_bw(base_size = 7) +
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        text = element_text(face='bold'),
        legend.key.size = unit(5, "pt"),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(angle=45,vjust=1, hjust=1))

ggplot(data,aes(x=tax, y=Index))+
  geom_tile(aes(fill=r), color = 'white',alpha = 0.6) +
  geom_text(aes(label = P_value_sig), color = 'black', size = 2) +
  ggsci::scale_fill_gsea() +
  theme(legend.position="top") +
  theme +
  xlab('') +
  ylab('')
ggsave('heatmap_corr.png',height = 2, width = 2)

在这段代码中，我们使用ggplot函数创建了一个基本的绘图对象，并使用geom_tile函数绘制了热图。通过geom_text函数，我们还添加了对应的p值显著性标记。这张热图将展示环境因子和物种之间的相关性，并通过颜色填充来表示p值的显著性。

接下来，我们定义一个函数cal，用于计算不同组内物种与环境因子之间的相关性。代码如下：

Step3：定义分组相关性计算函数

# 定义一个函数，计算不同组内物种与环境因子之间的相关性
cal <- function(group){
  # 提取分组样品名称
  g <- grep(group, rownames(env), value = T)
  # 执行分组相关性分析
  r_result <- corr.test(taxonomy[g, ], env[g, ], method = 'spearman')
  # 提取r值
  r <- 
    r_result$r %>% 
    melt() %>% 
    set_names(c('tax', 'Index', 'r'))
  # 提取P值
  p <- 
    r_result$p %>% 
    melt() %>% 
    set_names(c('tax', 'Index', 'P_value')) %>% 
    mutate(P_value_sig = case_when(P_value > 0.05 ~ " ",
                                   P_value <= 0.05 & P_value > 0.01 ~ "*",
                                   P_value <= 0.01 & P_value > 0.001 ~ "**",
                                   P_value <= 0.001 ~ "***",
                                   TRUE ~ NA_character_))
  # 合并数据
  data <- cbind(r,p) %>% 
    select(-(4:5)) %>% 
    mutate(group)
  data
}

cal('A') %>% head()
cal('B') %>% head()
cal('C') %>% head()

 Step4：相关性热图（“*”标记显著性）

# 数据合并
data <- rbind(cal('A'), cal('B'), cal('C'))
# 指定封面顺序
data$group <- factor(data$group, levels = c('A', 'B', 'C'), ordered=TRUE)
# 出图
ggplot(data,aes(x=Index, y=tax))+
  geom_tile(aes(fill=r), color = 'white',alpha = 0.6) +
  geom_text(aes(label = P_value_sig), color = 'black', size = 2) +
  ggsci::scale_fill_gsea() +
  theme(legend.position="top") +
  theme +
  facet_grid( ~ group, scales = 'free') +
  labs(y = 'Taxonomy', x = 'Environment', title = 'Spearman Correlation Plot', size = '|rho|', color = 'rho')
ggsave('heatmap_corr1.png',height = 2, width = 6)

 Step5：相关性热图（P值和“*”同时标记显著性）

# 数据整理
data <- rbind(cal('A'), cal('B'), cal('C')) %>% 
  mutate(P_value_sig2 = paste0(round(P_value, 2), ' ', P_value_sig))

theme_heatmap <- 
  theme_bw(base_size = 7) +
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        legend.key.size = unit(5, "pt"),
        panel.border = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank(),
        text = element_text(face='bold'),
        axis.text.x = element_text(angle=45,vjust=1, hjust=1))

ggplot(data,aes(x=Index, y=tax)) +
  geom_tile(aes(fill=r), alpha = 0.6) +
  geom_text(aes(label = P_value_sig2), color = 'black', size = 1) +
  ggsci::scale_fill_gsea() +
  theme_heatmap +
  coord_flip() +
  facet_grid( ~ group, scale = 'free') +
  labs(y = 'Taxonomy', x = 'Environment', title = 'Spearman Correlation Plot', size = '|rho|', color = 'rho')
ggsave('heatmap_corr2.png',height = 2.5, width = 6)

 最后，我们可以通过绘制精美的气泡图来展示相关性分析结果：

Step6：气泡图展示相关性分析结果

ggplot(data,aes(x=Index, y=tax))+
  geom_point(aes(color = r, size = abs(r))) +
  geom_text(aes(label = P_value_sig2), color = 'black', size = 1) +
  scale_size_area(max_size = 5) +
  ggsci::scale_color_material('teal') +
  theme_heatmap +
  theme(legend.key.size = unit(6, "pt"),
        strip.background = element_rect(fill = '#99CCCC')) +
  facet_wrap( ~ group,strip.position = 'bottom') +
  labs(y = 'Taxonomy', x = 'Environment', title = 'Spearman Correlation Plot', size = '|rho|', color = 'rho')
ggsave('heatmap_corr3.png',height = 2, width = 6)

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