lammps建模

大家都清楚，在用lammps进行模拟计算前，建模这个步骤是必不少的。

总的来讲，我们可以通过两种方法来完成建模操作。一是通过lammps的命令建模；二是通过外部的程序建模，然后用lammps的read_data 命令将模型读入。

lammps命令建模的主要步骤可以描述为：

用units 命令定义单位

lattice 命令定义单胞

region以及create_box命令定义区域和创建盒子

create_atoms 命令创建原子

今天我主要详细讲解lattice命令的语法：

lattice style scale keyword values …

style可以是 none, sc, bcc, fcc, hcp, diamond, sq,sq2, hex 或者 custom

scale是style选项下的参数，比如（当units ≠ lj 时）style填bcc, 那么scale就填体心立方的晶格常数a0的值（当 units 为lj 时，这里的scale就是电子密度值，使用其他units时，scale都是晶格常数）。

需要注意的是，当指定了 lattice的scale之后，位于lammps输入脚本中关于长度的值，其单位就是scale（表示几倍scale长）。

零个或更多个 keyword/value 键值对可以被添加

keyword可指定为 origin, orient, spacing, a1, a2, a3或者 basis

对于所建立的晶胞，我们都可以进行平移origin和旋转orient操作

origin 配对的值是三个数字 (x y z) 意思是对单位晶胞里的所有原子的整体平移量，单位晶胞的楞长默认为1，x,y,z的值为偏移量和棱长的比值(0 <= x,y,z <1)，缺省值为（0 0 0）。为了便于后续分析，以及避免建模边界原子重合，我们一般会给一个比较小的偏移量（0.1 0.1 0.1）.

orient 作用是旋转晶胞方向。盒子默认方向为（x 0 0 1） (y 0 1 0) (z 0 0 1)，可以认为orient命令将晶胞的指定晶向旋转至模拟盒子的三条坐标轴，然后将晶胞在盒子里重新排布。orient配对的值格式为 dim i j k，其中dim的值是字母 ‘x’ , ‘y’ 或者’z’，表示空间的三条轴。i j k 为该轴指向向的晶向，其值为整数，例如“orient x 2 1 0” 意思是旋转过后模拟盒子的x轴将会指向 [210] 晶向。三个方向要求满足正交以及右手定则。做旋转处理时，盒子原本的周期性不能被保证，如果仍然要保持其周期性，则先建模运行，然后看lammps的屏幕输出lattice spacing in x,y,z后的值，记为sx,sy,sz。然后将建立的模型放到ovito中切片观察，计算出xyz各个方向上的最小排布周期长度，记为slx,sly,slz。他们必须满足如下关系：

sxm1=slxn1

sym2=slyn2

szm3=slzn3

其中m1,2,3以及n1,2,3均为整数，于是取盒子大小为(sxm1 sym2 sz*m3)

旋转操作一般被用来建立不同方向的界面。

spacing配对的值是 dx dy dz，为两个单胞之间的间距

如果我们的style取的是custom，那么我们可以通过a1,a2,a3 和 basis 这两个关键词来指定基矢和单胞里的原子在基矢中的定位

a1,a2,a3 各自配对的值为（x y z）意思是a1 a2 a3这三个基矢的值，用来定义单胞的基矢。缺省值对于三维的sc、fcc、bcc和diamond类型的原子，他们的棱长默认为1个单位，默认的基矢为a1 （1 0 0）；a2 （0 1 0）；a3 （0 0 1）。hpc类型a1 = 1 0 0；a2 =0 sqrt(3) 0；a3 = 0 0 sqrt(8/3)。

basis 配对的值是（x y z），表示在基矢定义的空间的一个位置，如有多个位置，则定义多个basis

对于三维的sc、fcc、bcc和diamond类型的原子，这些已有的类型不需要指定基矢和basis，但是我们可以用custom的style加上基矢和basis的参数来建立同样的模型。bcc, fcc, sc的基矢为a1 = 1 0 0；a2 = 0 1 0；a3 = 0 0 1，bcc默认basis原子（0 0 0）（0.5 0.5 0.5）,fcc的basis （0 0 0）（0 0.5 0.5）（0.5 0.5 0）（0.5 0 0.5）, sc 的basis（0 0 0）。hpc类型的基矢a1 = 1 0 0；a2= 0 sqrt(3) 0；a3 = 0 0 sqrt(8/3)。