bash: gtfToGenePred: command not found...

最新推荐文章于 2024-05-29 13:53:18 发布

acetyl_coa1741

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分类专栏：报错文章标签： linux

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项目场景：bash: gtfToGenePred: command not found…

在使用命令的时候显示

gtfToGenePred -genePredExt  gencode.v28.annotation.gtf gencode.v28.annotation.genePred.txt
bash: gtfToGenePred: command not found...

这种情况的报错
综合了查阅的两份资料，发现所使用的环境没有问题
后来发现是安装的软件位置不正确
使用find命令在data文件夹里面查找 gtfToGenePred目前所处位置：

find /data/ -name gtfToGenePred

把软件gtfToGenePred移动到bin文件下面就完成了

mv  gtfToGenePred /anaconda3/bin

运行gtfToGenePred将GTF文件转换成GenePred格式

gtfToGenePred -genePredExt gencode.v28.annotation.gtf gencode.v28.annotation.genePred.txt

完成

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