测序比对软件的总结---salmon

最新推荐文章于 2024-01-17 10:46:56 发布

acetyl_coa1741

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文章标签： linux

本文链接：https://blog.csdn.net/acetyl_coa1741/article/details/125789462

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之前写了bowtie，bowtie2和hisat2,star,的比对的使用的实际使用例子，这边再写一个salmon,因为他是真的很快。
1.安装
安装过程遇到了一点点问题，可以看这里用bioconda安装salmon报错
所以用

conda install salmon

2.下载索引
找到ensembl的官网，下载参考转录本序列cDNA.fa文件
http://ftp.ensembl.org/pub/release-107/fasta/homo_sapiens/cdna/

wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-107/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.abinitio.fa.gz

3.生成索引

salmon index  -t ./Homo_sapiens.GRCh38.cdna.abinitio.fa.gz ./human

生成文件如下：

-rw-r--r-- 1 med-zhouh med-chenh 754K Jul

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用bioconda安装salmon报错

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