Ribo-seq的上游分析以及数据准备

最新推荐文章于 2024-04-09 16:32:39 发布

acetyl_coa1741

最新推荐文章于 2024-04-09 16:32:39 发布

阅读量2.4k

点赞数

分类专栏： Ribo-seq 文章标签： linux

本文链接：https://blog.csdn.net/acetyl_coa1741/article/details/125648486

版权

找到一个文献：Detecting actively translated open reading frames in ribosome profiling data
跟着他的步骤开始运行
在这里插入图片描述

1.下载数据及软件
找到文章中的数据下载的链接NCBI数据

Accession codes.
Gene Expression Omnibus (GEO) GSE73136 (Ribo-seq data from HEK293 cells).

进入NCBI之后能看见GSE73136的数据，查到数据的ID是SRR2433794，在超算里面下载

srapath SRR2433794###输入ID，然后得到下载链接，用wget进行下载
wget -c -t 0 https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR2433794/SRR2433794

2.然后用fastq-dump把下载的SRR文件转化成FASTQ的格式</

最低0.47元/天解锁文章

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

acetyl_coa1741

关注关注

0
点赞
踩
4

收藏

觉得还不错? 一键收藏
1
评论
Ribo-seq的上游分析以及数据准备

Ribo-seq的上游分析以及数据准备
复制链接

扫一扫

专栏目录

riboseq的下游分析ribodiff，在R里进行GO分析和KEGG分析

acetyl_coa1741的博客

07-21

989

riboseq的下游分析ribodiff，在R里进行GO分析和KEGG分析

Ribo-seq的下游分析方法2---RibORF

acetyl_coa1741的博客

07-06

1476

Ribo-seq的下游分析方法2---RibORF

1 条评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

Ribo-seq：检测正在翻译的mRNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁

Bluescape的博客

03-05

1308

核糖体印迹测序(Ribosome profiling, Ribo-seq)检测正在翻译的RNA信息，揭示蛋白合成的时间,位置,以及蛋白质合成的调控机制

RNA-Seq前处理：mRNA富集还是rRNA去除？

qihengxing123的博客

12-29

1059

它可用于从特征较少的物种中获取转录组信息，这些物种无法使用使特定探针进行靶向去除高丰度转录本的方法，以及不具有 poly(A) 尾而无法通过 poly(A) 选择富集 mRNA 的物种(3) . 因此，一些 RNA-Seq 试剂盒及常用的去除方法在其工作流程中会使用 DSN 处理。降解导致转录本的断裂，并且由于对 poly(A) 尾的选择，3' 端被富集，而5' 序列则会丢失，导致对降解的 RNA 样本作为起始材料测序结果会产生强烈的 3' 偏好性。孵育之后是清洗步骤，以去除短的文库片段和被切割的片段。

Ribo-seq的下游分析方法1-ORFquant以及RiboQC

acetyl_coa1741的博客

07-04

1315

使用ORFquant进行分析Ribo-seq的数据

转录组RNA-seq分析前沿进展综述

青笋的博客

09-15

3429

RNA测序（RNA-seq）已经成为分析基因差异表达和mRNAs差异剪接不可或缺的工具。随着下一代测序技术的发展，RNA-seq也在发展。目前，RNA-seq方法可用于研究RNA生物学的许多不同方面，包括单细胞基因表达、翻译和RNA结构。随着直接RNA-seq技术和更好的数据分析工具的出现，RNA-seq的发展有助于更全面地理解生物科学，本文解读一篇2019年发表在Nature的RNA-sequencing综述。 DGE：基因差异表达流程： RNA提取→mRNA富集或rRNA耗尽→cDNA合成→

Ribo-seq的下游分析方法2---RiboDiff

acetyl_coa1741的博客

07-12

1143

Ribo-seq的下游分析方法2---RiboDiff

各种seq ribo-seq rna-seq pipelines

生信小博士的博客

04-26

171

SPR WorkFlow Collection | sysPipe

卷积神经网络精确率不增反降_DeepRibo：通过结合核糖体图谱信号和结合位点模式，对原核生物进行精确基因注释的神经网络...

weixin_39672396的博客

11-30

4108

声明原文参考：Jim Clauwaert, Gerben Menschaert, Willem Waegeman, DeepRibo: a neural network for precise gene annotation of prokaryotes by combining ribosome profiling signal and binding site patterns,Nucleic...

TRiP：核糖体分析工具

02-11

分步教程欢迎使用TRiP工具教程！ TRiP旨在执行从FastQ文件到差异表达分析的所有经典步骤的核糖体分析（RiboSeq）数据>分析。 [目录] 1）安装Docker 首先，Docker必须存在于19版或更高版本中。如果您还没有，现在是时候修复它了！ Docker Engine可通过Docker Desktop在不同的OS（如macOS和Windows 10）上使用，并且可作为多种Linux平台的静态二进制安装。全部都可以在这里找到： : 提示：对于Windows，也需要Microsoft商店应用程序中的WSL2和Ubuntu。 2）目录准备 TRiP不需要安装（yipee），但是需要精确的文件夹体系结构（boo）。第一步是创建项目文件夹。它被命名为您的项目，并将是链接到Docker的卷。然后，必须分别创建和完成两个子文件夹和一个文件。注意，这些步骤是进行

gogozhq#NGS-analysis-old#RNA-editing分析实战1

07-25

目录RNA-editing分析实战- 获取合适的测试数据RNA-editing分析实战获取合适的测试数据目录我们要找到的数据集要满足以下几个条件：- ribo

jutils-2-0(包括jisql和ribo)

06-15

是从ase1503安装好的文件夹中提取出来的，包括jisql和ribo，这样只要装了jConnect驱动就可以查看asa、ase数据库了。JConnect驱动也传到CSDN了，在 http://download.csdn.net/source/1409783 。

Ribo 3.0用户指南

01-02

sybase最新调试工具：Ribo 3.0用户指南，最新版

浅谈日搏RIBO变频器在污水处理厂的应用

10-22

变频器的英文译名是VFD（Variable-frequency Drive），这可能是现代科技由中文反向译为英文的为数不多实例之一。（但VFD也可解释为Vacuum fluorescent display，真空荧光管，故这种译法并不常用）。...

应用Ribo-seq技术量化tRNA对乳腺癌细胞转移的调控