Ribo-seq的下游分析方法1-ORFquant以及RiboQC

学习文件：https://github.com/lcalviell/ORFquant，数据也是这篇文章里面的。
1.安装软件

library(devtools)
install_github(repo = "lcalviell/ORFquant")
library(ORFquant)
library(RiboseQC)
conda install -c conda-forge pandoc

安装过程由于是在linux里面安装的R，所以有很多附属的R包没有安装进去，可以用bioconductor也可以用conda进行安装。

2.prepare_annotation_files

?prepare_annotation_files

在R中运行，会出现所需要准备的文件并且会有相应的要求，例如：

因此
根据要求，写进去自己的数据
(1)设置文件夹

getwd（）##获取现在所在的位置
dir.create("1.my_ORFquant_dir")###创建一个新的文件夹
setwd("1.my_ORFquant_dir")###进入这个新创建的文件夹

（2）把fasta转换成2bit格式
用conda下载这三个软件faToTwoBit, twoBitInfo, and twoBitToFa
在genecode里面下载GTF和FASTA文件

faToTwoBit GRCh38.p13.genome.fa GRCh38.p13.genome.2bit

（3）赋值文件

my_riboseq_bam <- "./SRR2433794.bam"
my_gtf_file <- "./gencode.v40.annotation.gtf"
my_fasta_file <- "./GRCh38.primary_assembly.genome.2bit"
####查看是否负值成功
stopifnot(
file.exists(my_riboseq_bam)&
file.exists(my_gtf_file)&
file.exists(my_fasta_file)
)

（4）生成annotation_files

orfquant_anno_file <-prepare_annotation_files(
       annotation_directory = "annotation_directory/",
       twobit_file = my_fasta_file,
       gtf_file =