蛋白质口袋预测算法——fpocket

fpocket还允许在MD 轨迹上进行口袋检测，适合结合口袋特征的评分函数的开发，并对结合点的可药性进行评估。
安装命令：

>>> tar -xzf fpocket-src-2.0.tgz
>>> cd fpocket-src-2.0/

>>> make
>>> make test
 

事先需安装VMD和PyMOL。fpocket使用样例：

fpocket -f sample/3LKF.pdb
 

dpocket可以对多个结构进行分析，tpocket可以用来快速评估空洞的评分函数。

蛋白质口袋预测是指在蛋白质三维结构中预测可能存在的结合口袋或结合位点的位置和形状。口袋通常是蛋白质表面的凹陷区域，可以与其他分子（例如药物分子）发生结合作用。