Fpocket-参数详解

以下内容来自于fpocket advanced
输入命令行参数
必选参数：
-f ***.pdb ：一个标准的PDB文件
-F string ：PDB文件的列表名

可选参数：

-m float: (default 3.4) # 参数用于修改alpha球在绑定口袋中的最小半径。它在三维空间中接触4个原子，而没有任何内部原子。这里3.4埃允许过滤太小的（蛋白质内）alpha球。如果要分析内部间隙，降低该参数；分析更多的溶剂暴露空腔，提高这个参数，以过滤太深的空腔。
-M float: (default 6.2) # 用于修改alpha 球在口袋中的最大半径。alpha球是一个接触球，在三维空间中允许接触4个原子，而没有任何内部原子。这里7埃 可以过滤在蛋白表面太大的接触球。如果要分析很float 和溶剂暴露的表面凹陷，提高此参数。为了分析蛋白质的隐藏部分，降低这个参数。大的半径对于预测蛋白蛋白结合位点和多糖结合位点更有意义，小的半径能预测小分子结合位点，在蛋白隐藏的空腔
-l int : #PDB来源于核磁或者有多个model的结构文件，-l 可以指定想分析的模型
-C char : (default s) # 指使用聚类方法，默认情况下是 成对的单链接集群
	's' : pairwise single linkage clustering
	'm'	: pairwise maximum- (or complete-) linkage clustering
	'a'	: pairwise average-linkage clustering
	'c'	: pairwise centroid-linkage clustering
-e char : (default e) # 聚类方法使用的距离度量
	'e': Euclidean distance
    'b': City-block distance
    'c': correlation
    'a': absolute value of the correlation
    'u': uncentered correlation
    'x': absolute uncentered correlation
    's': Spearman's rank correlation
    'k': Kendall's tau
-i int : (default 15) # 该参数表示一个口袋至少包含多少个alpha球体，才能在fpocket提供的结果中显示出来。可以过滤小的空腔。分析更小的空腔，降低这个参数；分析大的空腔，提高参数。
-A int : (default 3) # fpocket 中有两种alpha 球，极性球和非极性球。该参数范围从0到4，并修改alpha球体类型的定义。默认情况下，一个非极性球接触至少三个非极性原子（电负性小于2.8）被定义为非极性球，相反则是极性球。
-D float :(default 2.4 A) #参数被用于分析层次距离，并在期望距离出切割子树（subtree）。距离越大，团簇越大
-p float : (default 0.0) #过滤不想要口袋的另一个参数。定义了极性alpha球的最大比例和alpha球在一个口袋中的数量，以便在结果列表中保留口袋。默认情况下每个口袋都保留（0.0），现在想过滤不是疏水口袋，提高这个参数，极性空腔将被过滤掉。该参数为比例，不是百分比，因此取值范围为0~1
-v int : (default 2500) # 该参数定义要执行的迭代次数，值越高，精度越高，性能变慢。默认用蒙特卡洛算法计算口袋体积。基本上，算法在空间中随机选择一个点，并检查这个点是否包含在任何的alpha球中，并存储这个状态。重复N次，我们估计口袋的体积使用率之间的命中次数和迭代次数，按盒子的大小缩放。
-b (none) : (NOT USED BY DEFAULT)
-d (none) : # 允许以压缩格式输出口袋和口袋属性
-r string : (none) # 允许在受限模式下运行fpocket
-y string : (filename) EXPERIMENTAL #指定ameber prmtop格式的拓扑文件
-x NONE : (NONE) EXPERMENTAL # 计算口袋的能量
-c char : (Default is none) # 计算口袋之前，删除某条链
-k char : (Default is none) # 计算口袋之前，保留某条链
-a char : (Default is none) #  选择某条链被当作配体
-w char : (Default is 'd') # 指定输出文件的格式