生信蛋白分析数据库与ID转换

已于 2022-09-07 19:09:10 修改
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文章标签： 数据库 数据分析 科技 经验分享
于 2022-09-01 18:42:07 首次发布
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对于数据分析（工程师）来说，数据库的海量信息可能蕴含着无数的新发现！

目录

前言

一、PDB

1.如有PDBID

二、chembl

1.基本信息

2.转化chemblID为uniprotID

3.使用chembl API 代码检索

 三、bindingd

前言

生物信息学是生命科学与计算机科学等学科的交叉学科；蛋白在生物体中扮演着极为重要的功能，分析蛋白结构、功能也有助于药物的开发。以下常用数据库提供了许多极为重要的参数。

一、PDB

对于分析二三级结构，PDB数据库（RCSB PDB: Homepage）极为有用，且有众多蛋白结构（194,820 个）。

分为两种

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根据chembl_id 查询蛋白分类信息
recher_He1107的博客
09-15 1468
记录笨比上班生活又一天 没啥好说的直接上代码运行效果运行结果 没啥好说的直接上代码 以一个含有chembl target ID号的表格为起点,输入输入文件地址,chembl_id列名,以及输出文件地址 chembl的api 分为多层 chembl_id>>>>>componen_id>>>>>protein_id # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Mon Sep 14 21:52:27 2020 @au
蛋白组学富集分析 uniport id蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析 代谢组学
生信小博士的博客
07-21 2901
目前，已经获得UniProt数据库ID。那么，我们可以直接试用其进行转换即可，方法有两种，一种是直接在KEGG数据库中进行转换，一种是使用云平台进行转换。这里依旧是同样的问题，那么大家看一下代码吧。我个人觉得，这个代码的可靠性更高一些。昨天，有个童鞋咨询如何使用蛋白ID进行功能富集分析，功能富集分析主要是KEGG和GO。使用UniProt数据库的工具UniProtKB ID Mapping（进行隔分的，如果要整理成一列数据，我最开始想到的就是使用。蛋白ID的数据是的使用。等待一段时间，即可完成。
Uniprot ID 批量转化成基因名
最新发布
weixin_45656366的博客
01-25 1765
1.打开https://www.uniprot.org/（UniProt），选择ID mapping。2.输入蛋白名，选择转化名称类型，点右下角Map ID。4.进入结果界面后点击Download选择合适格式下载。3.跳转到匹配界面，匹配完成后点击Completed。
根据Uniprot ID/PDB ID批处理获取蛋白质.pdb文件
Daisy4的博客
07-31 5731
根据Uniprot ID/PDB ID批处理获取蛋白质.pdb文件
利用蛋白的chembl ID爬取其synonyms
recher_He1107的博客
12-16 890
师姐的小要求,安排一下: import requests from multiprocessing import Pool import json import pandas as pd def get_synonyms(ID): url = 'https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/target/{}.json'.format(ID) ...
获取bingingDB,Pubchem,chembl旗下的拥有uniprot的人蛋白靶点所对应的化合物活性信息,并构建神经网络.
recher_He1107的博客
11-19 4034
爬取要用数据库数据
生信分析服务器配置脚本
08-13
生信分析linux环境配置，安装分析软件环境，需要root权限
生信分析论文套路R语言代码
12-05
TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等...
生信分析例文
12-04
通过生信分析挖掘在癌症中三个MiRNA,为肿瘤治疗提供靶点。
生信质控分析-FastQC
01-13
**FastQC：生信质控分析的基石** FastQC是一款广泛应用于生物信息学领域的基础软件，专门用于对高通量测序数据进行质量控制（QC）分析。在高通量测序技术如Illumina、PacBio或ONT等产生的海量数据中，FastQC能够...
生信数据库标准规范.pdf
01-18
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Mystra
08-15 1204
生信数据库ID总结及转换方法
weixin_54199212的博客
03-18 7451
生信数据库ID总结及转换方法（待补充）
基因id转换
weixin_30512785的博客
05-09 3222
DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型，我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID，所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型，因为只做ID转换，所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型，这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 ...
基因名称转换-在线工具版
weixin_56577499的博客
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04-11 516
摘要：某些科学家和将大数据提取整理到公共数据库这一过程都需要对文本进行数据挖掘，科学出版物的大量发行则要求可以实现半自动和全自动文本挖掘。作者开发了一种文档分类器，可以成功区分“类化学物” (即与小分子药物发现相关且可能包含定量生物活性数据的出版物)和“非类化学物”。 基于ChEMBL数据库的文本分类器 ref：Journal of Cheminformatics 2014, 6:40；IF=3.893 链接：http://www.jcheminf.com/content/6/1/40..
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研究大分子的HELM表示。HELM具有分层结构，并结合了单体来代表聚合物（例如肽）。 HELM的特征是其表达的可扩展性，还可以通过将原始单体添加到单体库中来表达不自然的结构。 另一方面，由于HELM表达式使用缩写（ID），所以如果不共享单体库，则存在指定具有相同ID的不同单体的风险，因此了解单体库很重要。 找出什么样的单体信息存储在ChEMBL中，这是HELM也处理的熟悉的数据库。 具体旨在读取XML文件中提供的单体库，并将其转换为Pandas DataFrame。 导入库 import xm
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1. 收到通知：请求邮件已经发送 3. 确实任务提交，完成后有邮件通知 2. 查看邮件，复制Submit链接在浏览器中访问 4. 结果邮件，复制链接在浏览器中访

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