plink提取特定染色体中特定区域内SNP位点信息

最新推荐文章于 2024-03-04 12:01:34 发布
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 /home/kkx/software/plink --file 5osnp --recode HV -chr 8 --from-bp 25000000 --to-bp 26000000 --out 8snps

“5osnp“：文件名 plink形式

--recode HV 转化成haploview可识别形式

”chr8“ 染色体

from-bp 25000000 --to-bp 26000000 筛选区段

8snps 输出文件名

若不需要输入haploview，可以去掉 --recode HV

aikkxaai
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05-09 8292
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plink - 关于提取某一个特定的SNP
upyours00的博客
06-22 8190
一、 查看某一个snp的基因型频率 plink --bfile file --snp rs10402893 --freq --out rs10402893 --noweb 如果要计算全部snp频率则去掉“–snp rs10402893”命令就好 二、 计算某一个snp是否符合哈迪温伯格检验检验： 跟上面计算基因型频率类似，不过是将 --freq 改成 --hardy plink --bfile file --snp rs10402893 --hardy --out rs10402893_hw --nowe
R语言实现GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化
青笋的博客
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上述算法的核心是先从基因列表中取一个基因，然后找这个基因对应的snp和表型，如果找到某些snp在多个表型中显著性都大于7，则将其添加到注释信息，但是如果没有大于7的位点，则开始继续寻找是否存在大于5的位点，以此类推，若也没有大于5的点，则寻找大于3的位点。根据GWAS得到的Rresult文件信息，能够找出每个snp位点对应的显著性情况和基因变异信息，接下来，需要根据表格中的信息进行归纳总结，对不同显著性层次进行区分，找出可能性最大的点，过程比较繁琐。是变异类型注释库，包含一一对应的变异信息。
5、提取snp indel 位点
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AI人工智能课程 机器学习算法班第18讲：循环神经网络与自然语言处理 共40页.pdf
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筛选 SNP 位点的缺失率是指在样本中该 SNP 位点没有被成功测序或者测序结果无法确定的样本比例。一般来说，缺失率较高的 SNP 位点可能会影响群体遗传结构和基因关联分析结果的准确性。因此，筛选 SNP 位点时常常需要考虑缺失率。 具体操作方法可以使用软件进行计算。常见的软件包括 PLINK、vcftools、GATK 等。以 PLINK 为例，可以使用以下命令计算 SNP 位点的缺失率： ``` plink --bfile data --missing --out result ``` 其中，`data` 为输入的二进制 PLINK 格式文件，`--missing` 参数表示计算缺失率，`result` 为输出文件名。命令执行后，会在当前目录下生成一个 `result.imiss` 文件，其中包含每个 SNP 位点的缺失率信息。可以根据需要设定缺失率的阈值，筛选出缺失率低于该阈值的 SNP 位点。

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