plink提取ID

已于 2024-03-04 12:20:52 修改
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文章标签： python
于 2024-03-04 12:01:34 首次发布
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版权 
-file 读取文本文件
-bfile 读b文件，二进制文件
不加recode，默认输出二进制文件

· chr超过23对，假设27对，则chr-set 27
· 有非数字染色体，例：性染色体
  则--allow-extra-chr

  • 样本提取

--keep 提取样本ID

plink --file X --keep id_sample.txt --recode --out id

--remove删除样本ID

plink --file X --remove id_sample.txt --recode --out id

  • SNP提取

--extract提取SNP的ID

plink --file X --extract id_snp.txt --recode --out id_snp

--exclude删除SNP的ID

plink --file X --exclude id_snp.txt --recode --out id_snp
早春不过一棵树℡
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Plink GWAS学习笔记
Mistletoe-Sachel
01-27 1万+
参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/126178268 GWAS教程 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mpr.1608 下载项目和数据 ssh software-install git clone https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/ cd GWA_tutorial ll plink可以读取文本格式的文件或二进制文件，由于读取大型文本文件可能很耗时，.
plink.assoc.linear 输出文件详解
m0_49904818的博客
01-30 1436
Plink 输出文件plink.assoc.linear包含的内容及其含义 CHR Chromosome SNP SNP ID BP Physical position (base-pair) A1 Minor allele name (based on whole sample) TEST Type of test NMISS Number of non-missing genotypes BETA Regression coeffi
plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数）
weixin_33853794的博客
05-04 6298
一、提取样本： 提取样本见命令行： plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 　其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID） 同样的，如果是去除样本，则用参数“--remove” 二、...
如何用Plink提取指定染色体、指定SNP、指定个体的信息
weixin_60410989的博客
05-09 9148
开门见山，直接上代码！！！ 一、提取指定染色体 用 --chr 命令来提取某一特定染色体信息，比如我想提取5号染色体的信息，代码如下： plink --bfile file.name --chr 5 --make-bed --out file.name （注：上面代码所对应文件均为二进制文件） 二、提取指定SNP 用 --extract 命令来提取某些指定SNP，把需要提取的SNP按照以下格式整理到文本文件中： 1_19132592 1_19657470 1_64646591 .....
【生信分析常用软件】plink常用功能之提取特定样本、并按指定样本顺序进行基因型数据排序
jxm的博客
08-28 227
updata.txt 含oldFID、oldIID、newFID、newIID四列，以空格分割。# updata_sort.txt 含FID、IID两列，以空格分割，将按照该文件顺序排序。# keep.txt 含FID、IID两列，以空格分割。# 分析样本按指定顺序排序。
[软件使用-Vcftools / Plink ] VCF文件中剔除/提取一个或多个样本，两组方法实现及运算时间比较
jxm的博客
04-09 1808
比如剔除一个样本--重测序数据可能需要1h;但vcf 转换为 plink可能耗时0.5h，借助plink提取/剔除样本可能就1min左右，可以试一下vcf 转换为 plink 后再执行提取或删除，速度相对比较快。剔除样本 --remove。tips: 运行比较耗时。提取样本 --keep。
生信小白之plink：unknown option “--bfile“ plink：unknown option “--extract“
baidu_39461808的博客
03-16 643
plink: unknown option "--bfile" plink:: unknown option "--extract"
plink --extract参数采坑问题记录
qq_43206685的博客
04-27 2365
plink --extract采坑问题记录 问题描述：使用–extract 参数后没能正常进行LD修剪 ~/software/miniconda2/bin/plink --cow --allow-extra-chr -noweb --file /home/yanglv/soft_project/Target/target_result_test/result_5_3_clean_dropna2_filter_19sample/admixture_pairwise_50_10_0_2/test/admixtu
【生信分析常用软件】plink常用功能
jxm的博客
05-03 1万+
由哈佛大学的Shaun Purcell开发的一个免费，开源的全基因组关联分析软件。1.数据提取，合并、提取特定SNP、样本、基因组某段区域的基因型3.；2. 数据（计算样本杂合度和SNP位点杂合度、最小等位基因频率MAF）3. 格式转换；4. 遗传参数4.1 计算最小等位基因频率4.2 计算杂合度4.3 计算LD、过滤R24.4 计算亲缘关系IBS，构建G矩阵；4.5 计算近交系数 ( 统计样本ROH)；5. PCA6. plink将关联分析结果里的SNP注释：参考。
Python库 | pandas_plink-2.2.9-cp38-cp38-win_amd64.whl
03-22
- **数据子集操作**：允许用户根据个体ID、SNP ID或其他条件提取数据子集，这对于缩小研究范围或进行分组分析非常有用。 **3. 集成其他Python库** `pandas_plink`可以无缝集成到基于Pandas的数据分析流程中，与...
vfc格式linux,2021-03-17 在linux上将vcf文件转plink的格式bed,bim,fam
weixin_39640687的博客
05-12 1920
我现在的问题是这样的vcf文件转plink的格式方法一vcftools[lyc@200server ~]$ vcftools --vcf Rice.recode.vcf --plink --out output出错这样VCFtools - 0.1.17(C) Adam Auton and Anthony Marcketta 2009Parameters as interpreted:--vcf R...
plink怎么把bam文件转换成ped文件
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10-11
如果你有一个`.bam`文件，并希望从中提取遗传信息以创建`.ped`和`.map`文件，一般需要经过以下几个步骤： 1. **将BAM转换为VCF**[^1]： 使用一些专门的软件如GATK（Genome Analysis Toolkit），BCFTOOLS或Samtools...
plink - 关于提取某一个特定的SNP
upyours00的博客
06-22 8653
一、 查看某一个snp的基因型频率 plink --bfile file --snp rs10402893 --freq --out rs10402893 --noweb 如果要计算全部snp频率则去掉“–snp rs10402893”命令就好 二、 计算某一个snp是否符合哈迪温伯格检验检验： 跟上面计算基因型频率类似，不过是将 --freq 改成 --hardy plink --bfile file --snp rs10402893 --hardy --out rs10402893_hw --nowe
【plink】如何把基因型数据ATCG格式转换为012之一 --recodeA
jxm的博客
10-08 1868
-recodeA ： 一个SNP标记只有1列,纯合转换为02，杂合为1（如TT 替换为0, 0是major;--recodeA : snp的major变为了0, snp的minor变为了2, 杂合变为了1.--recodeAD：一个标记有2列 （TT 替换为00，AA替换为20；命令：将基因型数据转化为012的raw格式。
plink提取特定染色体中特定区域内SNP位点信息
aikkxaai的博客
09-24 2975
/home/kkx/software/plink --file 5osnp --recode HV -chr 8 --from-bp 25000000 --to-bp 26000000 --out 8snps “5osnp“：文件名 plink形式 --recode HV 转化成haploview可识别形式 ”chr8“ 染色体 from-bp 25000000 --to-bp 26000000 筛选区段 8snps 输出文件名 若不需要输入haploview，可以去掉--recode ...
Plink常用命令总结
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永远想不起来更新的博客
10-12 2万+
文章目录一、基本操作二、质量控制三、编码 一、基本操作 1、–bfile 、 --file 和 --tfile 读取文件 –bfile 读取二进制文件，bed、bim和fam格式 –file 读取文本文件，ped和map格式 使用以上两个命令时，文件命名要一致，如test.bed、test.bim、test.fam 二进制文件比较小，处理速度比较快 2、–out 指定输出文件的名称 3、–reco...
windows下plink的常用命令
weixin_64439825的博客
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plink 的功能非常强大，这里提供了一些例子与翻译
笔记 GWAS 操作流程2-4：哈温平衡检验
邓飞----育种数据分析之放飞自我
04-17 1万+
# Delete SNPs which are not in Hardy-Weinberg equilibrium (HWE). # Check the distribution of HWE p-values of all SNPs. plink --bfile HapMap_3_r3_8 --hardy # Selecting SNPs with HWE p-value below 0.00...
PLINK 1.07 基因型数据分析入门指南
- **PED文件**: PED文件是PLINK的主要输入格式，用于存储个体的基因型信息，包括个体ID、家庭ID、父ID、母ID、性别和表型信息。不同的PED文件格式可能缺失某些字段。 - **MAP文件**: MAP文件定义了SNP的位置，包括...
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