windows下plink的常用命令

1.1、--make-bed 生成bed、.bim、.fam文件，例如：

plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME

第一个FILENAME的后缀为.ped和.map，生成的第二个FILENAME的后缀为.bed、.bim、.fam

1.2、--make-just-bim与--make-just-fam --make-bed的变体，它只生成一个bim或fam文件

2、--recode 生成map与ped文件，例如

plink --vcf file.vcf --recode --out file

读取file.vcf文件，输出file.ped与file.map

3、--recode vcf-iid 重编译为vcf文件，例如：

plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf

有binary_fileset.bim、binary_fileset.fam、binary_fileset.bed生成new_vcf.vcf文件

4、--missing 查看文件缺失率

plink --bfile HapMap_3_r3_1 --missing

• 输出两个文件plink.imiss：个体缺失位点的统计；plink.lmiss：单个SNP缺失的个体数

5、--hwe  排除偏离哈代-温伯格平衡的指标，基因分型错误的常见指标也可能表明进化选择。
对于二元性状，建议排除：病例中HWE p值<1e-10以及对照组中<1e-6。不大严格的病例阈值可避免丢弃在选择下与疾病相关的SNP。对于数量性状，推荐HWE p值<1e-6。

6、--maf 仅包括超过MAF阈值的SNP。

7、--mind 排除基因型缺失率高的个体。在此步骤中，低基因型的个体被移除。

8、--geno 排除了大部分受试者中缺失的SNP。在此步骤中，低基因型的SNP被删除。

9、--extract 提取snp位点信息

10、--keep 

plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 

　其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID）

同样的，如果是去除样本，则用参数“--remove”

11、--bfile 读取bin、fam、bed文件   --vcf 读取vcf文件   --