笔者遇到一批要处理的临床医学数据
就开始先搜索资料设计实验,发现现在很多人对影像组学非常感兴趣但是,就是觉得好难,网络上大家也不怎么分享,大家卷到不愿意分享,这种风气我就受不了,必须给大家把这个活儿整起,接下来那么我就必须要帮帮各位小可爱们,欢迎可爱们来补充,欢迎讨论反馈。
1、相关文献
2、影像组学基本流程:
3、特征提取和挑选:
特征提取有用的工具: LIFEx (https://www.lifexsoft.org/
index.php accessed on 8 August 2023), MITK (http://www.mitk.org/wiki/MITK accessed
on 8 August 2023), CERR (https://github.com/cerr/CERR accessed on 8 August 2023),
and others. pyRadiomics 提取的巨量特征,如何标准化提取,文献
In response to this challenge, Zwanenburg et al. introduced the Image Biomarker
Standardization Initiative (IBSI) [96], which consists of a standardized set of 169 features。 它会告诉你如何设置参数和使用这些影像组学软件
常见的需要提取使用的特征见下表:
当然了还有深度学习的特征提取方式
3.2 特征挑选
4、创建模型和量化评估
比较受欢迎的模型的使用:RF、SVM、DL,Extreme Gradient
Boosting, RF, Naive Bayes, and Support Vector Machine (SVM) 训练模型的时候,要注意的是,不能过拟合或者欠拟合,为了避免 采用交叉验证、
Employing strategies such as cross-validation, external validation,
and multicenter validation during model training can lead to more stable models
评估一定要画ROC曲线,计算AUC值,accuracy, precision, recall, and F1 score 这些也是常用的评估指标