影像组学入门教程+最新总结+2024

笔者遇到一批要处理的临床医学数据

就开始先搜索资料设计实验,发现现在很多人对影像组学非常感兴趣但是,就是觉得好难,网络上大家也不怎么分享,大家卷到不愿意分享,这种风气我就受不了,必须给大家把这个活儿整起,接下来那么我就必须要帮帮各位小可爱们,欢迎可爱们来补充,欢迎讨论反馈。

1、相关文献

2、影像组学基本流程:

3、特征提取和挑选:

特征提取有用的工具: LIFEx (https://www.lifexsoft.org/
index.php accessed on 8 August 2023), MITK (http://www.mitk.org/wiki/MITK accessed
on 8 August 2023), CERR (https://github.com/cerr/CERR accessed on 8 August 2023),
and others.  pyRadiomics    提取的巨量特征,如何标准化提取,文献

In response to this challenge, Zwanenburg et al. introduced the Image Biomarker
Standardization Initiative (IBSI) [96], which consists of a standardized set of 169 features。 它会告诉你如何设置参数和使用这些影像组学软件

常见的需要提取使用的特征见下表:

当然了还有深度学习的特征提取方式

3.2 特征挑选

4、创建模型和量化评估

比较受欢迎的模型的使用:RF、SVM、DL,Extreme Gradient
Boosting, RF, Naive Bayes, and Support Vector Machine (SVM)  训练模型的时候,要注意的是,不能过拟合或者欠拟合,为了避免 采用交叉验证、

Employing strategies such as cross-validation, external validation,
and multicenter validation during model training can lead to more stable models

评估一定要画ROC曲线,计算AUC值,accuracy, precision, recall, and F1 score  这些也是常用的评估指标

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Python影像组学是指利用Python编程语言进行医学图像处理和分析的过程。这个领域涉及到利用计算机视觉和机器学习的方法来提取和分析医学图像中的信息。 要学习Python影像组学,首先需要掌握Python编程语言的基础知识。这包括了Python的语法、数据类型、循环和条件语句等基本概念。 接下来,需要了解医学影像的基本概念和常用的图像格式。这些包括了DICOM(数字图像和通信医疗)格式,以及常见的2D和3D医学图像的表示和存储。 之后,可以学习常用的Python库和工具,如NumPy、SciPy、Matplotlib和Pandas等。这些库提供了丰富的函数和工具,用于处理和分析医学图像数据。 一旦具备了基本的Python编程和医学图像处理知识,可以开始探索不同的影像组学应用。这可能包括了图像分割、特征提取、分类和预测等任务。可以使用深度学习框架,如TensorFlow和PyTorch,来构建和训练神经网络模型,用于解决医学图像分析问题。 此外,了解医学图像的预处理方法也是非常重要的。这包括了图像去噪、增强和配准等技术。Python提供了丰富的库和工具来支持这些预处理操作。 最后,理解和解释影像组学结果也是学习的重要组成部分。这可能包括了结果可视化和解释性分析等技术,以便向医学界和其他利益相关人员传达影像分析的结果。 总而言之,学习Python影像组学需要掌握Python编程语言的基础知识,了解医学图像的基本概念和常用的图像格式,并熟悉常用的Python库和工具。掌握这些知识后,可以开始探索不同的影像组学应用,并学习如何处理、分析和解释医学图像数据。
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