Unsupervised Brain Anomaly Detection and Segmentation with Transformers

本文提出了一种结合VQ-VAE和Performer模型的无监督方法,用于脑异常检测和分割。研究显示这种方法在相对少量数据和低计算成本下,能有效检测和分割异常,且在实际病变上的表现优于现有技术。
摘要由CSDN通过智能技术生成

VQ-VAE + Transformer真香!其中用到了Performer模型,表现SOTA!性能优于AE等网络。

Unsupervised Brain Anomaly Detection and Segmentation with Transformers
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  • 作者单位:伦敦国王学院, 伦敦大学学院

  • 论文下载链接:https://arxiv.org/abs/2102.11650

病理性脑部外观可能如此异质,以致仅可理解为异常,异常是由其偏离正常状态而不是任何特定病理特征定义的。

在医学成像中最艰巨的任务中,检测此类异常需要正常大脑的模型,该模型必须将紧凑性与表征其结构组织的复杂的远程相互作用的表现力相结合。这些需求可以说,与其他当前的候选架构相比,Transformer具有更大的潜力可以满足,但是它们对数据和计算资源的需求却阻碍了它们的应用。

在这里,我们将矢量量化变分自编码器的潜在表示与自回归变换器的集成相结合,以实现在相对适度的数据方案内以低计算成本实现的,与健康的大脑成像数据的偏差所定义的无监督异常检测和分段。在涉及合成和实际病理病变的一系列实验中,我们将我们的方法与当前的最新方法进行了比较。

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实验结果

在实际病变上,我

以下是使用PyTorch实现DFF的示例代码。这里假设你已经定义了多个卷积神经网络进行特征提取,并且每个网络的输出为一个特征张量。我们将使用全局平均池化层将每个特征张量转换为一个特征向量,然后将这些特征向量拼接在一起,最终使用一个全连接层将全局特征向量映射到一个低维空间。 ```python import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F class DFF(nn.Module): def __init__(self, num_networks, input_dim, hidden_dim, output_dim): super(DFF, self).__init__() self.num_networks = num_networks self.input_dim = input_dim self.hidden_dim = hidden_dim self.output_dim = output_dim # 定义卷积神经网络和全局平均池化层 self.networks = nn.ModuleList([nn.Conv2d(in_channels=input_dim[i], out_channels=hidden_dim[i], kernel_size=3, padding=1) for i in range(num_networks)]) self.avg_pool = nn.AdaptiveAvgPool2d((1, 1)) # 全局平均池化层 # 定义全连接层 self.fc = nn.Linear(num_networks * hidden_dim[-1], output_dim) def forward(self, x): # 对每个卷积神经网络进行特征提取并全局平均池化 features = [] for i in range(self.num_networks): f = self.networks[i](x[i]) f = F.relu(f) f = self.avg_pool(f) f = f.view(f.size(0), -1) # 将特征张量转换为特征向量 features.append(f) # 将所有特征向量拼接在一起 global_feature = torch.cat(features, dim=1) # 使用全连接层将全局特征向量映射到一个低维空间 output = self.fc(global_feature) return output ``` 在上面的代码中,我们定义了一个DFF类,其中包含了多个卷积神经网络、全局平均池化层和全连接层。在forward函数中,我们对每个卷积神经网络进行特征提取并全局平均池化,然后将所有特征向量拼接在一起,最终使用全连接层将全局特征向量映射到一个低维空间。 需要注意的是,这里的代码仅供参考,实际实现可能会因为具体的输入数据形状、网络结构等因素而有所不同。
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