QIIME2安装后可以激活工作环境，但是检查安装显示未找到命令

最新推荐文章于 2024-11-10 17:33:18 发布

angqm

最新推荐文章于 2024-11-10 17:33:18 发布

阅读量123

点赞数 3

文章标签： conda

本文链接：https://blog.csdn.net/angqm/article/details/140647574

版权

QIIME2安装后可以激活工作环境，但是用qiime --help检查安装显示未找到命令是什么情况请问？

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

angqm

关注关注

3
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫

在linux下运行qiime,科学网—QIIME2在Linux环境下使用遇到的问题 - 肖斌的博文

weixin_35729243的博客

04-30

1128

1)qiime demux summarize --i-data demux.qza --o-visualization demux.qzv出现如下报错信息解决方案2：由于个人是利用windows登陆服务器，为此下载Xming，在putty中对登陆节点进行localhost:0的设置重新运行后，出现如下结果此处注意，用解决方案1不能使用命令qiime tools view demux.qzv用解决...

在安装qiime2时遇到的问题

h123t3的博客

01-15

726

报错一：Solving environment: | Out of memory allocating 2315255808 bytes!安装源：conda config --add channels http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main。报错二：Solving environment: failed/killed/已杀死。换回默认源：conda config --remove-key channels。解决办法：先换回默认源，在用其他源。

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

Mac M1系统 miniconda安装、配置conda环境，及在conda环境中安装激活QIIME2

breeze0710的博客

04-09

5509

1.适配版本的miniconda软件安装包下载（windows, MAC, LINUX） Miniconda — Conda documentation 2. 打开终端,进入安装包所在文件夹，使用命令进行安装 #打开下载文件所在文件夹 cd Downloads #进入文件夹下子文件（文件表述打开简介） bash Miniconda3-py38_4.10.1-MacOSX-arm64.sh 然后一路回车，后面会有个地方输入 Yes 就行。 3.配置环境安装完成后重启终端，若前面增加（.

QIIME 2教程. 01简介和安装Introduction & Install(2021.2)

热门推荐

刘永鑫的博客——宏基因组公众号

03-16

2万+

写在前面QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，10年来引用20000+次，2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件——里程碑16：生物信息学工具助力菌...

Linux-Nginx网站服务_在linux系统中执行killall -s quit nginx命令的作用分别是什么

2401_83621095的博客

04-26

775

user = php #运行用户。group = php #运行组。

QIIME2-CLI更新学习笔记

zd200572的博客

09-10

587

https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860 qiime1已经不更新的维护，虽然可以使用，毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的，毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速，以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了，所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。一、2...

Qiime脚本命令使用方法大全

01-15

本文档整合了Qiime软件包所含python脚本的使用方法

QIIME 2教程. 22命令行界面q2cli(2020.11)

刘永鑫的博客——宏基因组公众号

10-31

1910

文章目录前情提要Python命令行模式Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要 NBT：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装Introduction&Install 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures Genome Biology：人体各部位微生物组...

qiime2-2024.2版本安装教程

FL1623863129的博客

06-05

1900

QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，14年来引用65000+次，2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件——里程碑16：生物信息学工具助力菌群测序数据分。为满足当前大数据、可重复分析的需求，北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授于2016年起从头开发了QIIME 2，并获得了来自全世界79家单位的112名同行参与，于2018年全面接档QIIME，文章于2019年8月刊正式发表于世界顶级杂志：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台。

qiime2.yml文件

11-23

1. **配置信息**：qiime2.yml文件包含了Qiime 2环境的详细配置，如使用的Python版本、安装的插件及其版本、依赖库等。这些信息对于确保分析的一致性和兼容性至关重要。 2. **插件管理**：Qiime 2的灵活性在于其插件...

QIIME2扩增子分析流程及常用命令.pdf

07-13

便于查阅的QIIME2扩增子分析流程及常用命令（我的博文https://blog.csdn.net/weixin_42126262/article/details/107285753） pdf 版，包含QIIME2的16S扩增子分析流程基础内容、常用命令、部分图文解释。

q2-dada2：包装DADA2的QIIME 2插件

02-18

1. **集成性**：Q2-DADA2将DADA2的功能与QIIME 2的工作流程紧密结合，使得用户可以直接在QIIME 2环境中进行DADA2分析。 2. **兼容性**：支持QIIME 2的数据格式，便于与其他插件的输出交换数据。 3. **自动化处理**：...

qiime-deploy:在Linux系统上轻松安装QIIME依赖项的工具

05-02

你可以找到在qiime部署-conf的项目很多QIIME部署配置文件以及所有可能的选项的说明和配置文件格式。还包括用于安装QIIME相关项目/工具的各种其他配置文件。另外，虽然qiime-deploy下载，构建和安装了QIIME的许多...

Qiime2 软件安装

zsbo2015的博客

06-14

3352

Qiime2 软件安装近日开始学习Qiime2，本人是Windows10系统，但本次并没有选择安装双系统来安装Qiime2软件。而是在Microsoft Store中安装了Ubuntu 20.0 LTS来安装Qiime2。现将过程记录如下，以作纪念。前言整个安装基本参考Qiime2官网推荐方法和刘永鑫老师推荐方法。 1. Ubuntu安装 Windows 10系统上安装Ubuntu较为简单，通过Microsoft Store搜索该软件，然后安装即可。 Ubuntu安装需要持续几分钟，

conda和pip的镜像源配置和删除

naozibuok的博客

11-10

431

【代码】conda和pip的镜像源配置和删除。

conda 设置代理

jacke121的专栏

11-07

646

conda 设置代理

Amazon S3：S3静态网站托管教程.docx

最新发布

11-12

Amazon S3：S3静态网站托管教程.docx

基于支持向量机SVM-Adaboost的风电场预测研究附Matlab代码.rar

11-12

1.版本：matlab2014/2019a/2024a 2.附赠案例数据可直接运行matlab程序。 3.代码特点：参数化编程、参数可方便更改、代码编程思路清晰、注释明细。 4.适用对象：计算机，电子信息工程、数学等专业的大学生课程设计、期末大作业和毕业设计。

lwindows虚拟机linux系统，Ubuntu已经安装了conda 如何安装QIIME2

03-30

以下是在Windows虚拟机中安装QIIME2的步骤： 1. 打开Ubuntu终端窗口（或使用Anaconda Prompt），输入以下命令，更新系统： ``` sudo apt-get update ``` 2. 安装Miniconda，可以从官网下载适合自己系统的版本，这里以Linux 64位的版本为例： ``` wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 3. 安装Miniconda： ``` bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 4. 创建一个新的conda环境： ``` conda create -n qiime2-2020.8 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml ``` 此命令将下载一个YAML文件（包含有关QIIME2所需的所有依赖项和软件包的列表），并使用它创建名为“qiime2-2020.8”的新环境。 5. 激活QIIME2环境： ``` conda activate qiime2-2020.8 ``` 6. 安装QIIME2： ``` pip install https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-none-any.whl ``` 7. 验证QIIME2是否安装成功： ``` qiime --help ``` 如果一切顺利，应该可以看到QIIME2的帮助文档。注意：在安装QIIME2之前，需要先安装Miniconda或Anaconda，因为QIIME2是基于conda构建的。