3D Slicer - 医学图像检测标注教程(导入查看标签与修改标签)

对于已经导出的DICOM标签，可能需要在专业医学人员检查之后进行修改。本文介绍如何将已经导出的DICOM标签重新导入3D slicer，并进行修改。

一、导入数据

1. 打开软件后，首先查看一下Data，把里面的已有的数据全选然后右键点击Delete(删除之前请确认其中的标签已经成功导出了)，这是为了防止软件内存占用太大。
   

2. 依次将同一个病例的原CT的Dicom序列的文件夹，与之前导出的标签Dicom序列的文件夹拖入3D slicer(文件夹路径不能有中文)，然后在DICOM Brower里面，选中这个病例的CT和标签:
   
   上图左列显示了三个病例，是已经打开过的病例，选中本次的病例，然后把中间和右边两列的标签和CT都选上(按住shift左键点击可多选)(标签的SeriesNumber为1，CT的SeriesNumber为4)。再点击Examine与Load。(Examine和Load过程会需要10多秒，根据电脑性能)。

3. 当3D slicer右边视图中显示了CT或者label时，导入完成，可以关闭DICOM Brower了(还没有导入完成时就关闭DICOM Brower可能会卡死)。

二、将标签叠加显示在CT上

1. 切换至Segment Editor模块
   

2. Master volume是控制当前右边的四个视图显示的volume，其下拉框内，可以看到有刚刚导入的2个volume: CT 与 Label:
   
   选择CT进行显示：
   
   选择Label进行显示：
   
   可以用Rename current Volume对master volume名字进行修改，本文将这两个volume改名为CT和Label，以更方便进行区分。
   

3. 选择Master Volume为Label，即对Label进行显示，然后点击Add添加一个Segment:
   

4. 选中添加的Segment，然后点击下面的Effects里面Threshold工具：
   

5. 点击Threshold工具之后，会出现Threshold相关选项(下图红框)，同时右边的视图会开始闪烁。
   
   标签的正常阈值是0.00 – 1.00，即标注多边形内为1，背景为0。

6. 现在只需要显示标注，因此将Threshold Range调至1.00 – 1.00，然后点击下面的Apply：
   

7. 点击Apply之后，会发现右边视图里面的只有Label区域变成Segment设置的颜色，这里是默认的绿色：
   

8. 选择Master Volume为CT，即对CT进行显示，会发现绿色的标签叠加显示在了CT上：
   
   查看当前横断面Slice序号：把鼠标移到横断面视图内，然后在3D Slicer的左下角Data Probe内可以看到当前横断面Slice序号：
   

   为了更好地查看标签，可以经常点击Segment前面的小眼睛，控制叠加的标签的 显示/不显示，也可以将标签的内部填充不透明度设置为0；具体操作见上一篇博客 的 四、4 节。

9. 到这一步就已经完成了叠加显示，当前的3D slicer状态就处于了标记状态，可以使用Draw工具对Segment进行增补，也可以使用Erase工具对Segment进行删减，和上一篇博客的标注过程一样。

10. 对Segment修改完成之后，同样按照上一篇博客的方法进行标签的导出，即在Data模块里面，先选中Add的那一个Segment ，右键，再点击Export visible segments to binary labelmap：
    
    再对labelmapvolume选中右键，点击Export to Dicom
    
    在弹出的Dicom Export框内，将默认的output folder修改为另一个全英文路径，点击Export即可。

    注意：在3D Slicer里面对CT或者label进行的任何操作，都不会改变原来的CT和label数据，因此没有改动就没必要重新导出，改动后的标签也就必须重新导出为新的一份标签。

    注意：每次标注完一个CT并保存标签之后，或者查看完一个CT和标签之后，需要继续标注或者查看另一个case时，强烈建议将已经导入3D slicer的数据都删除后，再导入新的case，以防内存溢出，删除的方法见上一篇博客。

    番外、窗宽窗位调节

    窗宽窗位调节在标注过程中很重要，窗宽窗位调节虽然不会改变数据本身，但是会改变图像的可视化效果。有时候病灶看不见或者模糊就是因为窗宽窗位调地不合适。窗宽窗位调节的方法很简单，就是按住左键在视图内左右慢慢移动或者上下慢慢移动。但是怎样的窗宽窗位算是比较合适没有个标准，不同CT之间不一样。对于磨玻璃，可供参考的窗宽窗位如下图所示。在Volumes模块中，选择Active Volume为CT，可以查看窗宽窗位的具体数值(W为窗宽，L为窗位)；软件也提供了一个推荐的肺部窗宽窗位，但也不一定适用于所有case。