3D Slicer - 医学图像检测标注教程(导入查看标签与修改标签)

本文介绍如何在3D Slicer中导入、显示和修改 DICOM 标签。首先,删除已有数据,然后导入CT和标签数据。在Segment Editor模块中,将标签叠加在CT上,通过调整阈值和颜色进行显示。标注完成后,按照指定方法导出标签。

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对于已经导出的DICOM标签,可能需要在专业医学人员检查之后进行修改。本文介绍如何将已经导出的DICOM标签重新导入3D slicer,并进行修改。

一、导入数据

  1. 打开软件后,首先查看一下Data,把里面的已有的数据全选然后右键点击Delete(删除之前请确认其中的标签已经成功导出了),这是为了防止软件内存占用太大。
    在这里插入图片描述

  2. 依次将同一个病例的原CT的Dicom序列的文件夹,与之前导出的标签Dicom序列的文件夹拖入3D slicer(文件夹路径不能有中文),然后在DICOM Brower里面,选中这个病例的CT和标签:
    在这里插入图片描述
    上图左列显示了三个病例,是已经打开过的病例,选中本次的病例,然后把中间和右边两列的标签和CT都选上(按住shift左键点击可多选)(标签的SeriesNumber为1,CT的SeriesNumber为4)。再点击ExamineLoad。(Examine和Load过程会需要10多秒,根据电脑性能)。

  3. 当3D slicer右边视图中显示了CT或者label时,导入完成,可以关闭DICOM Brower了(还没有导

### 如何在3D Slicer中对上颌骨进行分割和标注 #### 准备工作 确保已经成功安装并配置好3D Slicer环境[^1]。加载含有目标解剖结构(即上颌骨)的医学影像数据集到软件内。 #### 加载图像数据 通过`File -> Add Volume...`菜单选项导入DICOM或其他支持格式的文件,确认所选体素代表的是头颈部区域扫描结果,以便后续操作能够聚焦于上颌部位。 #### 使用Segment Editor模块进行初步划分 进入`Modules -> Segmentations -> Segment Editor`界面,在此可以利用多种工具来定义感兴趣区(ROI),对于复杂形状如上颌骨而言,“Draw”、“Paintbrush”等功能尤为适用;另外还可以借助阈值调整功能自动识别特定密度范围内的像素作为初始轮廓的一部分。 ```matlab % 这里提供了一个简单的MATLAB脚本用于批量处理类似的分割任务, % 用户可以根据实际情况修改参数适应具体需求。 function segmentMaxilla(inputVolumePath, outputLabelMapPath) % Load input volume data vol = dicomread(inputVolumePath); % Define threshold values suitable for maxillary bone segmentation lowerThreshold = 200; % HU units upperThreshold = 3000; % Apply thresholding to create binary mask of the maxilla region bwMask = imbinarize(vol, [lowerThreshold/1000, upperThreshold/1000]); % Save resulting label map as NIfTI file compatible with 3D Slicer niftiwrite(bwMask, outputLabelMapPath); end ``` #### 应用模型编辑器细化边界 完成粗略勾勒之后,转至`Model Maker`插件进一步优化表面几何形态,消除可能存在的噪声干扰项,并使最终形成的三维实体更加贴合实际生理特征。 #### 添加标签说明 最后一步是在生成好的分段对象上附加必要的元数据描述——这通常涉及到设置颜色编码方案以及撰写简短的文字解释,方便日后查阅或其他研究者交流成果时使用。可通过右键点击左侧项目列表中的相应条目选择属性对话框来进行上述设定。
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