记录一下Autodock等系列对接时ligand的pdbqt文件批量准备

背景.

1.ADT图形界面可以准备单个ligand： openbabel转pdb输入，加氢，input ligand， detect root， output，加电荷应该是比较准的，但是无法批量

2.openbabel 转pdbqt加氢和电荷不是很准，可能只适合单纯的简单文件格式转换？，meeko包中本来有mk_prepare_ligand.py 用来准备pdbqt， 但是现在去除了其使用openbabel来加氢的功能，也是觉得openbabel不准?meeko · PyPI,--pH argument not working anymore? · Issue #11 · forlilab/Meeko · GitHub

实现

1.使用ADT安装包下的prepare_ligand4.py

/usr/bin/env /home/pony/programe_files/MGLTools-1.5.7/bin/pythonsh ~/programe_files/MGLTools-1.5.7/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l CID_5291.pdb -A hydrogens

输入文件可以是pdb, mol2, 不管有没有加氢，都可以生成加氢后计算好电荷并自动detect root的pdbqt， 和用adt准备的相同。

其他参数可以打开prepare_ligand4.py 文件查看。