autoduck vina

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  PDBQT

grid box

conf.txt

报错处理

•  autoduck vina教程
  • http://vina.scripps.edu/tutorial.html （需要科学上网）
  • https://www.bilibili.com/video/av44948050/   （B站，直接可看）

    参考教程做法即可以完成基本的蛋白质与小分子的配对操作，以下部分是关于教程当中没有详细说明的部分进行一点补充。

PDBQT

• 在进行操作的时候，首先需要使用  autoDuck Tools 将 pdb 文件转换为 pdbqt 文件
• pdbqt 是AutoDcuk 的特定的坐标文件格式。包含了极性氢原子、局部电荷、原子类型以及柔性分子的节点信息。
  • 对于蛋白质，我们需要为其加上极性氢原子，计算电荷，并且添加原子类型。
  • 对于小分子物质，我们则需要添加氢原子、计算电荷、确定扭矩中心（root）、选择可旋转键。下图为蛋白质添加极性氢原子。
  • 以上部分在教程当中都有涉及

grid box

•  grid box，即对接盒子，是分子对接当中一个重要参数
• 研究表明，分子对接的最高预测精度为 2.857*Rg  的盒子大小（即grid box 大小）
  • Rg是分子的回转半径，是重要的分子尺寸和质量分布的指标
• 好的对接盒子的设定应当将这个蛋白质全部活性位点包裹进来
• 参数确定：有三种不同的方法
  • 方法1：参照共晶结构当中的LIGAND位点来确定坐标，记录这个坐标之后，用于对接其他分子
    • 共晶结构应该指的是：这个蛋白质和其他小分子物质的结合位点
  • 方法2：查阅文献当中，看一下是否有这个酶的活性位点，有的话就直接设置为活性中心
  • 方法3：如果是同源建模获得的pdb文件，参照晶体结构文件
  •  如果上述都有多个氨基酸位点地话，就选择其中一个xyz坐标就可以了。尺寸设置为60的基本上可以包括附近所有的活性位点
  • 使用cb-dock网站可以自动确定以上参数
    • http://clab.labshare.cn/cb-dock/php/blinddock.php 
  • 需要注意在使用 CB—Dock 网站的时候，由于系统设定的 ligand 文件的大小要小于15kb。如果mol2 文件格式的文件过大，可以转换为 pdb 格式的文件。在 Pymol 当中打开 mol2 文件之后，点击 File -> export module -> save ，在文件类型当中选择 pdb 即可    

conf.txt

• conf.txt 可以将需要的参数一次性地传入到 autoDuck vina 当中，避免在cmd当中多次重复输入

//应当包含以下信息

//指明配体和小分子物质文件，应在将文件放置在 vina.exe 文件夹当中
//或者在我的电脑环境变量里面，将 vina.exe 和 vina_split.exe 的路径加入，
//再在 pdbqt 文件所在位置 运行 vina 指令 
receptor = receptor.pdbqt
ligand= Nutlin_3a_re.pdbqt

//grid box 尺寸、位置信息
center_x = -19.805
center_y = 13.882
center_z = -8.067
size_x = 48
size_y = 58
size_z = 40

//
energy_range = 8  //与最优结合模型相差的最大能量值，单位是kcal/mol，设置为8，表示相差为8就结束
exhaustiveness = 400  //控制对接的细致程度，默认值为8
num_modes = 20        //最终生成的模型个数

报错处理

• 问题：导出数据的时候出现python提示框提示错误：list out of index

 

• 解决：文件路径当中包含中文，将文件移动到完全不包含中文的文件夹当中