Open Babel 分子格式转换工具

Open Babel 分子格式转换工具

基本转换命令

obabel直接跟着要转换的分子文件名称

-O选项为输出文件名称。obabel会自动识别文件扩展名。

#origin.xyz 转换为 transfer.mol2

obabel origin.xyz -O transfer.mol2

生成3D构像

生成3D构像一般用于smile等只有2D结构的文件，转换为3D带有空间结构的构像。
选项 --gen3d

obabel origin.smi -O transfer.mol2 --gen3D 

文件切分

选项 -m
一般用于被转换的文件中有多个分子。转换后文件将这些分子单独保存

obabel origin.smi -O transfer.mol2 -m

切分后的分子文件名字以-O参数为基准，

例如上面这个命令，转换后的mol2文件会以transfer1.mol2 、transfer2.mol2、transfer3.mol2 。。。进行重命名。

去除重复分子

选项 --unique

在做虚拟筛选过程中，不同商业库可能包含同一种分子，（同一个分子，不同代理商都在卖）， 做虚拟筛选的结果可能有重复的分子存在。所以需要去除重复
当obabel发现重复分子就会删除这个分子。

合并文件

选项 -j / --join

obabel 后跟着要合并的文件，最后加一个-j选项

obabel protein.pdb ligand.mol2 -O combine.pdb -j

加氢（谨慎使用）

选项 -h 表示加全氢，不考虑质子化状态
选项 -p <pH> 表示加指定pH的氢

为什么说慎重使用，这个方法加氢可能与专业软件所算的质子化状态不同（例如Schrodinger），
有版权的建议使用其LigPrep模块。

不建议使用obabel转换pdbqt
在使用vina进行虚拟筛选，配体的格式需要转换为pdbqt。

而obabel转换的pdbqt不能用，原子没有带电描述。

建议直接使用prepare_ligand.py脚本循环转换。

在转换格式的工具中，obabel本身很强大，但是很多情况下总是不尽人意。

例如小分子拆分，转换之后并不能以独立的分子名称重命名。RDkit获得分子的属性并输出会更好一点。

在输出pdb格式也是有一定的bug，Biopython处理的会更好一点。

在实验和项目过程中，学会多种工具配合使用。