DLPFC.h5ad格式数据简便获取方式+STAGATE论文复现问题

最新推荐文章于 2025-05-09 23:54:54 发布

J.SeVen118

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前言
- 数据获取（DLPFC）
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前言

最近在复现生信的论文代码，作为一个门外汉，在找数据这里就遇到了困难。就拿STAGATE这篇的一个数据集DLPFC数据来说，在官网找了好久都没有找到h5ad格式的数据。后面在github逛的时候偶然看到一个仓库也用这个数据来做paper，所以就先拿来用了。

数据获取（DLPFC）

STAGATE用了很多数据集，如DLPFC等，原文给的链接是这样的：
在这里插入图片描述
作者写道，DLPFC数据可以从下面网址获取。但是，即使我挂了梯子还是无法正常打开网页。。。

http:// spatial.libd.org/spatialLIBD

在这里插入图片描述
如果你顺藤摸瓜继续找下去，大概率会找到spatialLIBD的github网页，然后你会发现，仓库里只有t值的数据，没有DLPFC数据。。
如果你继续往下找，可能会找到bioconductor网址里的一大堆说明文档，然后被各种类型的DLPFC数据搞花眼。对于新手而言难度还是有点大了。而且不知道为什么，我每次在R上从bioconductor下载数据，一定会报错。例如运行下面的R代码：

spatialLIBD::fetch_data(type = "spatialDLPFC_Visium")

每次都会出现报错：

snapshotDate(): 2024-04-29
adding rname 'https://www.dropbox.com/s/y2ifv5v8g68papf/spe_filtered_final_with_clusters_and_deconvolution_results.rds?dl=1'
Error in BiocFileCache::bfcrpath(bfc, url) : 
  not all 'rnames' found or unique.
In addition: Warning messages:
1: download failed
  web resource path: ‘https://www.dropbox.com/s/y2ifv5v8g68papf/spe_filtered_final_with_clusters_and_deconvolution_results.rds?dl=1’
  local file path: ‘/Users/lee/Library/Caches/org.R-project.R/R/BiocFileCache/574451c8bae2_spe_filtered_final_with_clusters_and_deconvolution_results.rds%3Fdl%3D1’
  reason: Timeout was reached: [www.dropbox.com] Failed to connect to www.dropbox.com port 443 after 10003 ms: Timeout was reached 
2: bfcadd() failed; resource removed
  rid: BFC18
  fpath: ‘https://www.dropbox.com/s/y2ifv5v8g68papf/spe_filtered_final_with_clusters_and_deconvolution_results.rds?dl=1’
  reason: download failed 
3: In value[[3L]](cond) : 
trying to add rname 'https://www.dropbox.com/s/y2ifv5v8g68papf/spe_filtered_final_with_clusters_and_deconvolution_results.rds?dl=1' produced error:
  bfcadd() failed; see warnings()

如果顺着他给的网址下载，确实是可以下载到相应的Rdata格式数据。
但是！！！！！！
STAGATE的tutorial用的是h5ad格式的数据啊！！（不过spatialLIBD确实提供了函数可以转换两类数据，我没实验，大家可以try一下）
所以我就在想可以在哪里直接找到DLPFC的h5ad格式数据。
然后回忆起之前逛github的时候，有一个叫STAIG的仓库，里面用的就是DLPFC数据。仓库链接挂这里：