这篇博客介绍了如何将PacBio测序得到的hdf5格式数据转换为常用的FASTA或FASTQ格式。首先，需要下载并编译安装hdf5库，然后编译dextractor工具，解决可能出现的编译问题。最后，使用dextractor进行格式转换，提供了一个简单的命令行示例。该过程对于处理PacBio测序数据的生物信息学家至关重要。
个人比较熟悉FASTA 或者FASTQ文件格式，PacBio 测序得到的数据以hdf5格式存储，在应用过程中如果需要输入相应的fasta 或者fastq格式，需要格式转换。
格式转化工具推荐：Pacbio: extract fastq from h5 file based on quality filtering
我选用的是： dextractor
dextractor 是用c实现的，编译过程依赖hdf5库，需要先安装hdf5库。
第一步：编译安装hdf5库。
hdf5库的下载：HDF5 Source Code
编译安装hdf5的教程在目录 release_docs/中，参数默认，只需要设置安装路径（非root用户）
Instructions for building HDF5 can be found in the
release_docs/directory in the source code.
第二步：编译安装dextractor
git clone git@github.com:thegenemyers/DEXTRACTOR.git
修改Makefile 中hdf5的路径为第一步中hdf5安装的位置。
make 编译可能会出错，GitHub issue中有提到，需要把代码中 DB_CSS 修改为DB_CCS，编译通过。
第三步：运行dextract
给出个example， 详细参数见GitHub README.
./dextract -v input.bax.h5
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