bam（sam）格式文件转化为fasta格式

bam2fasta的转变方式：
samtools view input.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > output.fasta

sam2fasta的转变方式
cat *.sam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fasta

 

查看bam文件 samtools view input.bam

bam文件和sam文件的转换 samtools view 

 

bam文件转换为fastq文件

bam2fastq --aligned input.bam -o output.fq