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RSS订阅原创 浙江大学蒋超实验室在JHM发文揭示日常使用量的一次性纸杯释放的微塑料或可能影响孕期健康
实验室通过热水冲泡一次性纸杯释放的微塑料研究，系统揭示了日常生活中真实来源的孕期微塑料暴露，对生殖和代谢性能的影响和调控机制。
2024-08-21 17:56:32
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原创 使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释
病毒的分类注释一直是个难题，PhaGCN2/vConTACT2基于病毒基因组间共享的蛋白质簇（PCs）构建的基因共享网络来进行分类注释，这里简要介绍一下用法。
2024-08-21 17:56:13
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原创 使用Orthofinder进行系统发育直系同源推断
OrthoFinder是一款用于系统发育直系同源推断的软件，本文将简单介绍OrthoFinder的安装和使用方法。
2024-08-15 21:59:55
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原创 Anti-CRISPR 相关内容学习
细菌和古菌等微生物与病毒(噬菌体)之间的生存之战是一场“军备竞赛”。噬菌体进化出特异性的anti-CRISPR来抵抗CRISPR-Cas系统的免疫。
2024-08-09 11:01:40
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原创 从宏基因组构建基因组规模代谢模型（GEM）
基因组规模代谢模型（GEM）是通过整合基因组数据、代谢途径和生化反应信息，模拟和分析生物体代谢网络的一种强大工具，这里简单介绍一下。
2024-07-29 11:21:46
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原创 METABOLIC：微生物基因组群落规模功能网络分析
METABOLIC是一款基于微生物群的生物化学分析软件，能够预测任何给定基因组数据集的代谢和生物地球化学功能性状特征。
2024-07-24 16:11:30
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原创 R绘制Venn图及其变换
我将常用的各种函数整成了一个包：pcutils，包含各种绘图方法，这里介绍一下绘制Venn图及其变换，如Euler图，花瓣图，Upset图，Venn网络图等。
2024-07-16 21:27:21
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原创 R绘制降维图及其变换（PCA/RDA/t-SNE...）
Ordination analysis（排序分析）是生态学和统计学领域中用于分析和解释多变量数据的方法之一。这个方法通常被用于探索和可视化生态学或生物学数据中的pattern，尤其是在物种组成和环境因素之间的关系方面。
2024-07-16 20:08:03
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原创 R展示层级数据（桑基/旭日/珠包/Treemap图等）
我将常用的各种函数整成了一个包：pcutils，包含各种绘图方法，这里介绍一下用于层级数据展示的一些图，如树图，桑基图，旭日图，包珠图，Treemap等。
2024-07-10 23:24:11
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原创 VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法
VirRep是最近发表在Genome Biology伤的一种人类肠道微生物组识别病毒新方法，能够整合基因组语义信息和序列同源性表征DNA序列，从而更精准地识别人类肠道环境中的病毒基因组。
2024-07-10 23:16:18
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原创 Positron初尝试，新一代数据科学IDE（R+Python+...）
Positron 是一款由Posit正在开发的新一代数据科学 IDE，支持 R、Python等语言。
2024-07-06 00:28:53
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原创 从宏基因组中鉴定病毒序列（2）
病毒在生态系统中扮演着关键角色，宏基因组中病毒序列的鉴定十分重要。本文介绍对于病毒序列的质量评估和一些应用的文章。
2024-06-24 14:09:24
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原创 从宏基因组中鉴定病毒序列（1）
病毒在生态系统中扮演着关键角色，宏基因组中病毒序列的鉴定十分重要。本文介绍从宏基因组数据中鉴定病毒序列的主要方法和工具。
2024-06-24 14:06:54
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原创 R调用Taxonkit展示系统发育信息
TaxonKit是一个用于处理生物分类学数据的命令行工具，我把Taxonkit工具整合进了R包pctax，也开发了一些配套的系统发育分析和可视化方法。
2024-06-16 22:48:10
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原创 宏基因组分箱（binning）｜2. MetaWRAP实战深入binning
MetaWRAP是一个集成的宏基因组分析工具包，侧重于宏基因组Binning，本文将介绍MetaWRAP的具体使用方法。
2024-06-05 10:40:30
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原创 宏基因组分箱（binning）｜1.Metabat实战了解binning
宏基因组分箱（Metagenomics Binning）是一个将宏基因组测序获得的DNA序列分类为离散组或“bins”的过程，在这里我们先从MetaBAT讲起，通过MetaBAT2实战来了解分箱流程。
2024-06-05 10:38:30
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原创 Slurm集群使用基础
我们在做生物信息分析时，对于大规模的上游数据的处理，一般需要在大型服务器或集群上进行。我最早接触并使用的是一个基于SLURM调度系统的集群，在此记录一下基础使用方法。
2024-05-29 22:07:55
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原创 宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新
宏基因组（Metagenome）是指对一个生态系统中的所有微生物进行DNA分析的过程，可以帮助研究人员了解微生物的多样性、功能和互作关系。这里介绍常用的上游分析流程。
2024-05-29 21:59:39
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原创 使用FastANI与Skani计算平均核苷酸一致性(ANI)
ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity），是一种用来比较基因组的指标。FastANI和Skani是常用于计算ANI的快速准确的软件，在此介绍一下这两个工具。
2024-05-22 21:18:21
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原创 GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个基因组分类学数据库，旨在提供高质量的细菌和古细菌等分类信息。GTDB-Tk 是一个软件工具包，用于根据GTDB对细菌和古细菌基因组进行客观分类。
2024-05-22 21:17:05
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原创 使用BiG-SCAPE挖掘微生物组BGCs
BiG-SCAPE是一种计算生物合成基因簇（BGCs）之间距离的工具，用于自动重建基因簇家族，即编码高度相似或相同分子的基因簇组。
2024-05-16 00:04:43
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原创 使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
antiSMASH是一个用于识别和分析微生物中生物合成基因簇（BGCs）的工具。本文介绍了antiSMASH的使用方法和分析流程。
2024-05-08 10:43:12
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原创 微生物群落构建（community assembly）
了解控制群落多样性、功能、演替和生物地理学的机制是生态学，尤其是微生物生态学中的一个核心，这里介绍了几种群落构建方法。
2024-05-08 01:04:45
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原创 微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC） 是一类非常重要的基因集合类型，随着高通量测序技术和生物大数据处理工具的快速发展，直接从宏基因组（metagenome）中探索BGC的策略已经越来越成熟。
2024-05-07 15:56:18
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原创 浙江大学蒋超课题组合作ES&T：开发使用可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘
我们实验室开发了一种新型的用于个体生物和化学暴露组纵向测绘的可穿戴被动采样器：AirPie。
2024-04-03 21:54:53
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原创 ReporterScore包(GRSA方法)正式发表于杂志Briefings in Bioinformatics
最近，我开发的R包ReporterScore（GRSA方法）发表在杂志Briefings in Bioinformatics上，这是一种灵活的，可用于复杂多组学数据的功能富集新方法。
2024-03-31 00:34:03
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原创 Mermaid 入门
Mermaid是一个基于 JavaScript 的图表绘制工具，可渲染 Markdown启发的文本定义以动态创建和修改图表，允许使用文本和代码创建图表和可视化。
2024-03-04 21:27:40
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原创 CSL格式原理和应用
在学术写作中，"文内引用"（citation）和"参考文献列表"（bibliography）是两个重要的概念，学会管理它们十分重要。我们一般可以通过设置CSL文件来快速获得想要的引文风格。
2024-03-04 21:09:03
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原创 R快速翻译和绘图中文支持
在数据分析中，有时候面对大量的英文单词描述可能无法快速获得全部信息，需要去进一步查询或翻译。在R里可以调用一些翻译api完成这一步，但api一般会限制调用速度，`pcutils`提供了一种快速翻译的思路。另外，如何在绘图中展示翻译结果需要考虑中文字体的支持。
2024-01-17 00:30:44
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原创 龙年启科研新篇
对了，我在R里写了个简单的函数用来“画”春联，再次给大家送上祝福。放在R包pcutils里了，可以输入长度为3的字符向量，第一个是横批，第二三个是上下联。愿大家在新的一年，实验蓬勃发展，代码优雅流畅，数据如音符，奏响科研交响曲。还和群青同学一起做了个蛋糕，happy new year！也可以不输入上下联，把bg_shape换成23也很好看。祝大家新年里科研路上有更多的收获，事业腾飞，身体健康！祝一同攀登科研之峰的大家，新年快乐🎉🐉🎉！2023年已逝，2024年龙年将至。还可以通过调节文字属性，画一个倒福。
2023-12-31 21:05:02
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空空如也
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