VEP是非常好的变异注释工具,提供了在线和本地化安装两种使用方式,对于需要大批量注释变异的使用者来说本地化安装是必要的。官网介绍了本地安装的方法:perl INSTALL.pl,非常方便,但如果网速太慢不太合适。基于对INSTALL.pl脚本的理解,本文给出一种手动安装方法,希望能帮助大家解决VEP安装的问题。
环境
RedHat/CentOS Linux
可联网
Perl (支持DBI,Module::Build,Bio::Root::Version,Try::Tiny)
查看CPU核数: cat /proc/cpuinfo | grep name | cut -f2 -d: | uniq -c
Perl安装
# Version: 5.18.1
# Install: 下载,解压,编译(support threads