Ensemble_VEP--vcf文件注释

最新推荐文章于 2024-07-10 15:21:51 发布

fanyucai1

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分类专栏：医学肿瘤检测

本文链接：https://blog.csdn.net/fanyucai1/article/details/103987795

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本文档介绍了如何配置环境、运行命令以及安装Ensemble VEP软件来注释vcf文件。详细步骤包括修改~/.bash_profile文件，下载cache和fasta文件，以及遵循官方指南从Ensembl网站获取并安装perl模块。

摘要由CSDN通过智能技术生成

环境配置

++++++++++++++++++++
将以下内容添加到~/.bash_profile文件中 ::

export PATH=/software/samtools/samtools-1.9/htslib-1.9:/software/perl/perl-v5.28.1/bin/:$PATH
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl/modules:/software/Vep/VEP_plugins-release-96
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl-compara/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl-variation/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl-funcgen/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl-io/modules
export PERL5LIB