Ensemble_VEP--vcf文件注释

最新推荐文章于 2024-05-23 09:37:35 发布
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分类专栏： 医学肿瘤检测
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环境配置

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将以下内容添加到~/.bash_profile文件中 ::

export PATH=/software/samtools/samtools-1.9/htslib-1.9:/software/perl/perl-v5.28.1/bin/:$PATH
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl/modules:/software/Vep/VEP_plugins-release-96
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl-compara/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl-variation/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl-funcgen/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:/software/Vep/src/ensembl-io/modules
export PERL5LIB

命令运行

	    /software/Vep/ensembl-vep-release-
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fanyucai1
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VEP 注释
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VEP 注释 Ensembl Variant Effect Predictor (VEP) VEP determines the effect of your variants (SNPs, insertions, deletions, CNVs or structural variants) on genes, transcripts, and protein sequence, as well as regulatory regions. 1.下载安装 http://asia.ensembl.org/i
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推荐：ensembl-vep——强大的基因变异效应预测工具 项目地址:https://gitcode.com/Ensembl/ensembl-vep 基因组变异对生物体功能的影响是遗传学研究的核心问题。为此，我们强烈推荐您使用ensembl-vep，这是一个由Ensembl团队开发的高效且全面的变异效果预测器。 项目介绍 ensembl-vep不仅包括了主要的VEP(Variant Effect ...
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推荐 Ensembl 的 VEP 插件 如果你在进行基因组注释或变异分析方面的工作，那么你可能已经听说过 Ensembl 的 Variant Effect Predictor (VEP)。VEP 是一个非常强大的工具，可以用于预测基因组变异对蛋白质功能的影响。但是，虽然 VEP 自身的功能已经很强大了，但有时我们还需要其他的功能来满足我们的需求。这就是 Ensembl 的 VEP 插件的作用。 什...
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09-20
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**lammps-in文件详解** LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款强大的分子动力学模拟软件，广泛应用于物理、化学、材料科学等领域。在LAMMPS中，`in`文件是核心配置文件，它...
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FACE RECOGNITION USING ENSEMBLE STRING MATCHING
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05-29 1831
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02-05 1683
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9.发现只有这种信息，先不要急，先点进去(grch37版本的gtf在官网上没给链接，需要我们自己找网址的规律)1.先去ENSEMBL官网：http://asia.ensembl.org/index.html，点击红框框。6.去下载GRCh37版本，回到首页点击红框框。10.找到37网址和38网址的区别。5.跳转到想要的版本地址，成功。3.没有我们想要的版本了。......
利用FLX_FR-Pue_FLUXNET2015_FULLSET_HH_2000-2014_2-4文件基于传统机器学习算法估算FR-Pue站点的潜热通量的特征选择并绘制散点图的代码
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以下是基于Python的示例代码： 首先，我们需要导入所需的库和数据： ```python import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt data = pd.read_csv('FLX_FR-Pue_FLUXNET2015_FULLSET_HH_2000-2014_2-4.csv', sep=',', header=0) ``` 接下来，我们需要进行数据预处理和特征选择。这里我们选择使用相关系数和随机森林算法进行特征选择。 ```python # 数据预处理 data = data.dropna() # 删除缺失值 # 特征选择 corr = data.corr() # 计算相关系数矩阵 # 绘制相关系数矩阵的热力图 plt.figure(figsize=(10,10)) plt.imshow(corr, cmap='coolwarm', interpolation='none') plt.colorbar() plt.xticks(range(len(corr)), corr.columns, rotation=90) plt.yticks(range(len(corr)), corr.columns) plt.show() # 使用随机森林算法选择特征 from sklearn.ensemble import RandomForestRegressor X = data.iloc[:, 1:-1] # 特征矩阵 y = data.iloc[:, -1] # 目标变量 rf = RandomForestRegressor() rf.fit(X, y) # 绘制特征重要性的柱状图 plt.figure(figsize=(10,5)) plt.bar(range(len(rf.feature_importances_)), rf.feature_importances_) plt.xticks(range(len(rf.feature_importances_)), X.columns, rotation=90) plt.show() ``` 最后，我们可以绘制散点图来可视化潜热通量和选择的特征之间的关系： ```python # 绘制散点图 plt.scatter(data['LE'], data['SW_IN'], c=data['TA']) plt.colorbar() plt.xlabel('LE') plt.ylabel('SW_IN') plt.show() ``` 这里绘制的散点图以潜热通量（LE）为横坐标，太阳辐射（SW_IN）为纵坐标，温度（TA）为颜色。你可以根据需要进行修改。

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