背景:由于科研绘图需要(突出显示一些原子等),查阅了一些资料但还是存在不详细,现在进行保姆级整理
步骤:
此处感谢同门师姐的提示,在ovito中可以通过设置原子显示的透明度(Transparency)实现目标效果。透明度(Transparency)是ovito中原子的一种属性,需要先使用compute命令计算原子属性
1. 获得lammps模拟完成后的xyz文件(格式如下),可使用vmd或者ovito软件查看模拟的原子轨迹图像(这里注意每一帧的红框内数值要和后面的原子总数目一一对应,如果有删减原子记得修改)
2. 将xyz文件下载到本地后,拖入ovito(或者先双击打开后拖入也可):ovito官网
3. 打开后弹出的这个框,默认设置无需修改点击"OK",格式正常的话会被读取原子坐标并显示: