[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线

最新推荐文章于 2024-08-08 16:50:07 发布
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文章标签： lammps ovito 原子运动 轨迹
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一区Script Materialia期刊：多主元素合金中的短程有序域扩散一文，研究了CrCoNi合金和MoNbTa合金中原子的扩散过程，文中有出现如下图所示的原子运动轨迹线。这种原子运动轨迹线我们在研究扩散过程中常常会用到。

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图1

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图2

图参考自：Bin Xing, Xinyi Wang, William J. Short-range order localizing diffusion in multi-principal element alloys，Scripta Materialia, 2022

本文将介绍如何利用OVITO软件再现文章的不同颜色的原子的轨迹图

1、打开OVITO界面并且导入数据文件

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图3

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图4

2、选择该原子模型的某一面，我选择的视角为(left)

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图5

3、开始将该原子面开始删除为只包含一层原子的模型，先采用Expression selection，并且在Boolean expression中选择Position.X <=1

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图6

4、采用Invert selection 进行反向选择

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图7

5、采用Delete selected 将反选择好的原子删除掉，得到了只有一层原子面

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图8

6、选择Manual selection中的Pick对该原子表面的其中一个原子进行标定

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图9

7，选择Generate trajectory lines,选择加载的原子轨迹为5000帧，加载完之后在Tracjectory display中修改轨迹的颜色以及线宽，如下

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图10

得到该选定原子的5000帧之前的全部原子轨迹

8,若想得到其他原子不同颜色的轨迹，重复上述操作7，本次操作只选择5种不同颜色的原子轨迹图

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图11

由于所选择的原子并非在原子表面移动，所以，根据实际情况而定，这样就初步得到3个不同颜色的原子轨迹

9、将这一层原子的颜色调整成一种颜色，（根据个人喜好来），然后调整原子的半径大小

[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线的图12

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不过效果其实也一般）选中想要导出的视角（ovito里直接点击对应区域即可，边框会变成黄色），点击左上角的照相机，弹出的窗口里我研究明白的功能已经标注了，按照123流程即可，另一个没打框的图标是直接。1. 获得lammps模拟完成后的xyz文件（格式如下），可使用vmd或者ovito软件查看模拟的原子轨迹图像（这里注意每一帧的红框内数值要和后面的原子总数目一一对应，如果有删减原子记得修改）导入模型后，点击右侧“Add modification...”，选择“Select type”选项，在右下方选择框。
ovito怎么导出图片
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### 回答1： 要将OVITO中的场景导出为图片，可以按照以下步骤操作： 1. 首先，在场景中设置好想要导出的相机视角，并调整好所需要的显示效果和材质参数。 2. 然后，点击OVITO主界面上方的“渲染”选项卡，并选择“渲染设置”。 3. 在弹出的渲染设置对话框中，可以设置输出图像的相关参数。例如，可以指定输出图像的大小和分辨率，设置渲染帧数等。 4. 在渲染设置对话框的右侧，有一个名为“目标文件”（Target file）的选项。在该选项中，可以选择导出图像的文件格式和保存路径。OVITO支持多种常用的图片格式，如PNG、JPEG等。 5. 确定好渲染设置后，点击对话框底部的“渲染”按钮，开始渲染过程。OVITO将根据设置生成对应的图像。 6. 渲染完成后，可以在渲染设置对话框中点击“打开目标文件”按钮，或者手动在保存路径中找到渲染生成的图片。 通过以上步骤，我们可以轻松地在OVITO中导出场景为图片，以便进一步使用和分享。 ### 回答2： 在使用Ovito导出图片之前，首先需要确保已经安装了Ovito软件并成功加载了你要处理的数据。 以下是导出图片的步骤： 1. 打开Ovito软件并加载要处理的数据。你可以通过拖放文件到Ovito窗口，或者通过点击"File"菜单中的"Load File"选项来加载数据。 2. 导入数据后，你可以在Ovito的窗口中对数据进行可视化和操作。你可以调整视角、添加表示符号、颜色映射等等。 3. 在调整好可视化效果后，你可以点击菜单栏中的"File"选项，然后选择"Save Snapshot"来导出当前视图为图片。你也可以使用快捷键Ctrl+S来完成相同操作。 4. 在弹出的对话框中，你可以选择保存图片的格式和保存路径。通常可以选择保存为常见的图片格式，如PNG、JPEG等。 5. 点击"Save"按钮后，Ovito会将当前的视图保存为一张图片，你可以在指定的路径下找到它。 希望以上步骤对你有帮助！ ### 回答3： 使用Ovito导出图片非常简单。首先，确保你已经安装并打开了Ovito软件。然后，按照以下步骤进行操作： 1. 在Ovito软件界面的左上角，找到并点击“导出视图”按钮。它的图标是一个笔画和相机的组合。 2. 在弹出的导出对话框中，你可以选择导出的文件类型。常见的选项包括JPEG、PNG和TIFF格式。选择你偏好的文件类型。 3. 确定导出文件的输出路径和文件名。你可以点击“浏览”按钮来选择一个特定的文件夹作为输出路径，并为图片命名。 4. 调整导出图片的分辨率和其他参数。你可以更改图片的大小、缩放比例等。这些选项位于对话框的底部。 5. 点击“导出”按钮开始导出。Ovito会在指定的输出路径下生成你选择的文件类型的图片。 请注意，你可以在导出对话框中预览导出图片的效果。如果需要调整图片的外观，可返回软件界面进行进一步的编辑和设置。 希望以上信息能帮助你成功导出Ovito图片！
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