[lammps教程]OVITO绘制原子应力云图

   在我们用分子动力学模拟力学性能时,应力应变云图是我们模拟结果中常常出现的,如下图为分子动力学的铜铅合金拉伸变形特性的研究一文中铜铅合金剪应力云图,本文介绍如何利用OVITO软件绘制原子应力云图

图参考自:韩浏淼. 基于分子动力学的铜铅合金拉伸变形特性的研究[D].哈尔滨工业大学,2018.

具体步骤

 1.导入dump文件

    在OVITO软件中导入我们的结果dump文件

2.Add modification--Atomic strain

3.Add modification--Atomic strain

4.选择我们需要绘制的云图类型

5.Adjust range

6.添加标尺

  1)add layer

  

2) Color legend

       

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LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 是一款广泛用于分子动力学模拟的软件。要在 LAMMPS 中生成应力-应变曲线,你需要编写一些用户自定义的脚本,通常涉及以下几个步骤: 1. **设置系统**: - 首先,需要定义体系结构、原子类型和边界条件。 2. **施加位移**: - 使用 `fix` 命令和 `displace` 或 `strain` 类型的步长,对系统施加线性拉伸或其他变形。 3. **计算力和应变**: - 使用 `compute` 命令计算应变(通常是通过改变体积来跟踪),并通过 `thermo_style` 和 `thermo_modify` 设置输出应变。 4. **记录数据**: - 使用 `dump` 命令定期保存力和应变的数据到文件,以便后续分析。 5. **分析数据**: - 比如,你可以使用 Python 的 LAMMPS Python Interface (LPython) 或者直接从 LAMMPS 的 `data.log` 文件读取数据,并画出应力-应变图。 下面是一个简化的示例代码片段: ```lisp # 定义变量 variable strain equal 0.0 # 初始化应力 variable stress equal 0.0 # 施加位移循环 for i from 0 to N_steps { # 应变步进 variable strain increment 0.01 set strain [expr strain + $increment] # 应用位移 fix 1 all deform linear 0.0 0.0 $strain # 计算并存储应力 compute stress[1] force yz thermo_style custom step time press strain stress[1] dump dump[1] all custom 1 "x y z fx fy fz stress[1]" id type # 更新变量 variable stress equal [atom-style command get "stress[1]"] } # 结束后处理数据 ```
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