RNA-seq分析htseq-count的使用

HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐，其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用，同时也兼顾着给小白们提供了两个可以拿来可用的可执行文件 htseq-count（计数） 和 htseq-qa（质量分析）。

这里需要注意的是HTSeq作为read counts的计数软件，承接的是上游比对软件对于clean data给出的比对结果即bam文件（由sam文件sort得到），和HTSeq能行使同样作用的还有类似于GFold，bedtools等软件，我会在最后做一个基本的结果比对。

附manual

附油管视频讲解

---

HTSeq的安装

 1 # 创建存放文件夹
 2 mkdir ~/biosoft/HTseq && cd ~/biosoft/HTseq
 3 
 4 # download并解压
 5 wget https://pypi.python.org/packages/fd/94/b7c8c1dcb7a3c3dcbde66b8d29583df4fa0059d88cc3592f62d15ef539a2/HTSeq-0.9.1.tar.gz#md5=fc71e021bf284a68f5ac7533a57641ac
 6 tar</