【GATK加速】如何用天河2号超级计算机跑基因数据分析，详细使用步骤

最新推荐文章于 2021-11-08 21:14:54 发布

毅硕科技

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文章标签： vim 编辑器算法 ssh 大数据

本文链接：https://blog.csdn.net/bio2s/article/details/111356357

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本文介绍了如何在天河2号超级计算机上利用Sentieon工具进行基因数据分析，包括登录、加载环境、提交作业和监控作业过程。Sentieon作为GATK的替代品，提供并行计算加速，适用于高深度测序分析，特别是ctDNA测序，且具有结果一致性好、支持大规模WGS联合调用等优势。

摘要由CSDN通过智能技术生成

    本文以广州超算为例，广州超算天河2A为目前全球最大的X86超算中心，X86架构为为目前科学计算和工程计算通用架构，但是随着ARM的崛起，可能会在未来天河3和天河4上有所反应。
    我们来看下广州超算的生信软件配备：

如此众多软件，可以通过Module的功能将这些工具的环境加载到自己账户下，进行提交计算。我们以一款商用NGS组装和比对工具Sentieon来演示整个过程：
1、拿到超算发的VPN账户，使用Hillstone VPN工具进行登录：

使用超算开通的账户登录Shell：
天河上 module load sentieon 加载环境即可使用 sentieon 命令
在天河上的运行方法，可参考例子/BIGDATA1/app/sentieon/quick_start ，该路径下包括有 fastq 数据，参考基因 reference 及运行脚本，如下图，用户可将该例子拷贝到账户存储下进行测试（cp -r /BIGDATA1/app/sentieon/quick_start ~&#

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