QIIME2 学习笔记 （一）

本文主要参照QIIME2中文手册，并加入自己的一些理解     https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838 

先来补充一下基础知识（原谅一下我是学计算机的，很多微生物背景知识需要补充）

1. 说下为什么要学习QIIME2

QIIME2是用来做  宏基因组的16S扩增子分析的。这款软件发布于2017年7月，发布才一个月，算是比较新的技术。主要应用在以下几个方面：通过宏基因组测序的方法，将肠道微生物与疾病进行关联分析以揭示疾病与健康个体间的微生物差异；鉴定特定环境中的特定微生物发现耐受菌种及相关基因。可以研究物种的分类，研究与特定环境相关的代谢通路，以及通过不同样品的比较研究微生物群落内部、微生物与环境、微生物与宿主之间的关系。

2. 宏基因组名词解释

宏基因组：宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序（我的理解是因为很多情况下，微生物群落很难分离，所以只能一堆微生物一起拿来测序分析了），分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度，进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发现具有特定功能的基因。宏基因组测序无需分离纯培养微生物，较大扩展了微生物资源的利用，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质。宏基因