代码分析_fasta_main

fasta 是一款开源高效的生物学序列分析工具

fasta 相关介绍：http://www.baike.com/wiki/FASTA

fasta开源地址：https://github.com/blacklaw0/fasta

根据README文件先将src中的文件编译一遍

To make the standard FASTA programs:

   cd src
   make -f ../make/Makefile.linux_sse2 all

where "../make/Makefile.linux_sse2" is the appropriate file for your system. 

The executable programs will then be found in ../bin
(e.g. ../bin/fasta35_t, etc.)

最好在bin中加个链接

sudo link /bin/fasta36 /usr/bin/fasta36
然后再做测试

For a simple test of a program, try (from the src directory)

   ../bin/fasta35 -q ../seq/mgstm1.aa ../seq/prot_test.ls

说明一下相关文件夹的内容

bin/  通过编译后的的二进制程序文件

conf/ 

data/

doc/ fasta的介绍文件

make/ make的配置文件，会调用src

misc/ 

seq/ 测试用的序列文件

sql/ 相关的sql语句

src/ fasta源代码

test/  

尝试着运行了一下测试脚本，一直报错 list request but FASTLIBS undefined

google了一下 http://doc.bioperl.org/bioperl-run/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/StandAloneFasta.html