用freesurfer提取DTI,DKI中的FA,MD等

• 提取FA代码
  • 皮层-----------------------------------------------------------------------------------
  • mri_vol2surf --mov mri/dtifit.nii.gz_FA.nii.gz --ref mri/orig.mgz --reg mri/3dfa-temp.mgz.reg --fwhm 0 --surf-fwhm 0 --hemi lh --projdist -1 --o mri/3dfa/subwhite-1.nii.gz
  •  
    • mri_vol2vol --s c37 --mov mri/nu.mgz --targ mri/nu.mgz --regheader --o mri/nu-temp.mgz --save-reg #cretate identity registration file
    • mkdir -p mri/rGWC #create directory for surfaces
    • mri_vol2surf --mov mri/nu.mgz --ref mri/nu.mgz --reg mri/nu-temp.mgz.reg --fwhm 0 --surf-fwhm 0 --hemi rh --projdist -1 --o mri/rGWC/subcortwm-1.nii.gz #make white matter intensity surface example below
  • gzip -d mri/3dfa/subwhite-1.nii.gz
  • cp mri/GWC/lh.gwc.nii mri/GWC/lh.gwc
  • cp mri/GWC/lh.gwc surf
  • cd ../
  • mris_preproc --fsgd test2.fsgd --tar