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RSS订阅原创 FreeSurFer的recon-all处理流——学习记录
输入为 mri/brain.mgz，输出为 mri/wm.mgz。Freesurfer图像配准：将 mri/nu.mgz 体积与 FREESURFER_HOME/average 中的默认 GCA 图集对齐；Freesurfer图像校正：强度标准化（Intensity Normalization）颅骨剥离后生成文件：/mri/brainmask.mgz。图像校正后生成文件：/mri/brain.mgz。图像配准后生成文件：/mri/norm.mgz。图像分割后生成文件：/mri/wm.mgz。
2024-06-08 12:51:13
326
原创 计算机网络实验——学习记录八（ICMP协议）
实验八：ICMP协议探索和分析。1. 掌握ICMP协议数据格式；2. 掌握ICMP信息报文和差错报告报文的常见种类；3. 理解ICMP差错报文的产生条件。
2024-05-12 17:49:25
154
原创 计算机网络实验——学习记录七（IP协议）
实验七：IP协议探索和IP分片分析。1. 掌握IP协议数据格式、首部各字段含义；2. 掌握IP分片原理和分片计算方法；3. 了解Linux下修改链路MTU的方法。
2024-05-05 18:06:13
509
原创 计算机网络实验——学习记录六（TCP协议3）
实验六：TCP协议流量控制分析。1. 掌握TCP的流量控制机制；2. 理解TCP的零窗口通知及处理方法。
2024-04-28 11:06:41
177
原创 计算机网络实验——学习记录五（TCP协议2）
实验五：TCP协议可靠传输和重传分析。1. 掌握TCP可靠传输原理，超时重传和快重传机制；2. 了解Linux下iptables命令的使用方法。
2024-04-20 19:44:16
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原创 Linux系统问题汇总
如果这个命令报错：Job for network.service failed because the control process exited with error code. See "systemctl status network.service" and "journalctl -xe" for details.2.2 ens33端口没有网络地址：可能是此端口未上线，Linux系统中的网络接口可以处在down状态或up状态，只有在up状态的网络接口才能够进行网络通信，才有网络地址；
2024-04-16 16:53:16
355
原创 计算机网络实验——学习记录四（TCP协议1）
实验四：TCP协议探索和连接管理分析。1. 掌握TCP协议数据格式，首部各字段含义，建立连接和释放连接的过程；2. 熟悉Linux下truncate命令的使用方法，nc命令开启远程shell的方法。
2024-04-07 23:16:01
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1
原创 计算机网络实验——学习记录三（UDP协议）
实验三：UDP协议探索和分析，获取网络通信数据包，分析UDP协议。1. 掌握UDP协议数据格式；2. 掌握UDP首部各字段含义；3. 了解网卡offload技术。
2024-03-31 16:57:25
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原创 计算机网络实验——学习记录二（HTTP协议）
实验二：HTTP协议探索和分析，获取网络通信数据包，分析HTTP协议。1. 了解HTTP协议的请求和响应格式；2. 掌握分析HTTP协议数据流的方法。
2024-03-24 17:49:11
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原创 Python学习记录——循环语句
（2）注意事项：条件需提供布尔类型结果，True继续，False停止；空格缩进决定层次关系；条件满足时，做的事情。
2024-01-17 01:37:31
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2
原创 Python学习记录——Pycharm快捷设置
Setting——plugins插件——搜索translation——Translation安装包——install——选择单词翻译。Setting——搜索decrease Font Size——右键，选择Mouse Shortcut——Ctrl+鼠标滚轮down。Setting——搜索increase Font Size——右键，选择Mouse Shortcut——Ctrl+鼠标滚轮up。Setting——plugins插件——搜索Chinese——中文语言包——install——重启。
2023-12-20 10:36:31
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原创 Python学习记录——Linux命令
例如：ln -s /usr/local/python3.10.4/bin/python3.10 /usr/bin/python。6. 编译以及安装：make && make install （进入安装Python的源码的编译过程）例如：./configure --prefix=/usr/local/Python-3.12.1。删除Linux系统原本的python2的软链接，rm -f /usr/bin/python。例如：tar -xvf Python-3.12.1.tgz。-f 要操作的文件名。
2023-12-19 19:39:40
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原创 Wireshark抓包实验中遇到的问题汇总
2. 虚拟机没网：（1）虚拟网络编辑器里面设置所选网络为NAT模式；（2）虚拟机设置里，网络适配器选择NAT模式；4. 抓包后地址显示的是IPv6地址，原因是双栈网络优先使用IPv6，这时如果需要捕获IPv4的数据包，可以设置优先使用IPv4。1. 如果打开Wireshark软件后不显示可捕获的接口，可能是权限问题，换成root用户重新打开Wireshark即可；（2）某些浏览器不支持将TLS中使用的公钥用日记文件方式记录，因此展示的数据包类型为TLS；（1）Wireshark不知道私钥，无法解析；
2023-04-13 21:15:34
5838
原创 Enigma可视化
EnigmaSurface data visualizationLoad example dataCovariates| As per ENIGMA-Epilepsy protocol, covariate information includesSubjID(subjectID),Dx(diagnosis, 0=controls, 1=patients),SDx(sub-diagnosis, 0=controls, 1=non-lesional patients, 2=ge...
2021-08-24 11:17:57
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原创 Enigma——Surface data visualization
Cortical surface visualizationENIGMA TOOLBOXcomes equipped with fsaverage5 and Conte69 cortical midsurfaces and numerous parcellations.we can easily map parcellated data (e.g., Desikan-Killiany) to fsaverage5 surface space (i.e., vertices).
2021-08-24 11:16:39
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原创 freesurfer reconall结果文件介绍
freeview -v \good_output/mri/T1.mgz \good_output/mri/wm.mgz \good_output/mri/brainmask.mgz \good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \-f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \good_output/surf/rh..
2021-08-24 11:16:05
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原创 T1数据的分析处理
数据：公开数据集HCP_Life_Span的27个T1w_unpro_norm数据，人口信息表如下：1. T1处理流recon-all想要并行处理，参考：https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/FreeSurfer/FS_ShortCourse/FS_04_ReconAllParallel.html先查看我的Mac电脑的逻辑CPU有多少（如下图所示，我的电脑有8个）您可能需要安装一个Xcode，一个Homebrew，接着您就
2021-07-02 11:50:30
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原创 pet 组分析
If you are not using PVC, you can use the template.reg.lta to sample the PET volume onto the surface using mri_vol2surf, then apply standard surface-based analysis.我理解现在得到的gtm.nii.gz是体积数据。gtm.nii.gz is a nifti file with each "voxel" being an ROI. Th.
2021-05-29 21:51:07
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原创 白质纤维束重建
本节所采用命令为trac-all,全部内容在这里：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/trac-all设置工作目录：export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_reconscd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial## bashexport FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/Set.
2021-05-17 10:21:30
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原创 Longitudinal Statistics 纵向统计分析
在这之前的准备工作：用freesurfer的纵向处理流处理您的数据——http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LongitudinalProcessing本文主要是讲统计分析方法：本文官方教程链接：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LongitudinalStatistics纵向数据比横截面数据（横截面数据就是我们用recon-all处理过的数据）更复杂，因为每个对象内的重复测量值相关（因为纵向数据是对一个对象
2021-01-27 20:55:50
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翻译 Freesurfer并行处理数据parallel
通常我们用freesurfer处理一个数据所用时间需要6个多小时，但实际上电脑的CPU并没有被充分的利用，freesurfer处理一个数据一般只需要一个逻辑内核，所以如果您有10个逻辑内核，可以同时并行处理10个数据，让电脑的利用率达到最大，同样的时间内之前6个小时只处理一个数据，现在可以在6个小时处理10个数据。mac查看电脑的物理CPU和逻辑CPU：sysctl hw.physicalcpu hw.logicalcpu您应该得到类似这样的结果：hw.physicalcpu: 4hw
2021-01-22 11:29:07
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原创 Freesurfer皮质分割采用的数据集Cortical Parcellation
Cortical Parcellation官网原文链接：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/CorticalParcellationDesikan-Killiany atlas ?h.aparc.annotDestrieux atlas ?h.aparc.a2009s.annotFreesurfer中mris_ca_trainandmris_ca_label程序可以通过一个手动标记的训练集估计概率信息来...
2021-01-09 17:33:36
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原创 Enigma - Structural image processing protocol (结构图像处理协议协议)
ENIGMA工具箱提供了一个平台，协调ENIGMA Working Groups内部和之间的分析方法，从而实现了跨多种疾病的meta-和mega-分析病例对照比较，并且提供皮质和皮质下数据投影到surface的可视化展示。
2020-10-21 18:30:39
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原创 Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial（3） 11/13
TRACULA Outputsexport SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_reconscd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorialOutputs from quality assessment扩散MRI对比旨在检测水分子的微观运动。 不幸的是，这使得弥散MRI对头部运动特别敏感。 头部运动不仅会导致连续DWI之间的不对齐，可以通过将DWI相互注册来纠正。 它还可以更改DWI的强度，并且无法通过注册进行更正。 TRACU
2020-07-20 19:16:34
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原创 Mac版webstorm
1.格式化快捷键：Option+Command+l2.保存时自动格式化设置——Prettier：（1）下载安装Prettier：npm install prettier -g（2）Command+","打开设置窗口，添加Prettier:(3)配置Prettier：（4）完成，按Command+"s"保存试试看吧，收获成功的喜悦～...
2020-07-16 15:58:29
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原创 Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial（2） 11/13
Running TRACULAexport SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_reconscd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial## bashexport FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data&g
2020-07-13 19:54:49
573
原创 Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial 11/13
TRACULA tutorial轨迹教程本教程将引导您完成运行TRACULA（受底层解剖约束的轨迹）的必要步骤。 您将学习如何设置配置文件，如何运行分析以及如何查看结果。Preparations## bashexport FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data>ex
2020-07-06 17:37:56
1147
原创 Freesurfer学习笔记——Longitudinal Tutorial 9/13
1. Preparationsexport FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=/Applications/freesurfer/tutorial_dataexport SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/long-tutorialcd $SUBJECTS_DIR2. Longitudinal Imag
2020-06-22 20:09:16
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原创 Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(3 Diffusion and DTI Integration) 8/13
Diffusion and DTI Integration
2020-05-29 10:31:02
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原创 Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(2.2 Surface-based Group fMRI Analysis ) 8/13
本节目的：使用小组分析中多个对象的数据来执行fMRI集成数据：功能生物医学信息学研究网络Functional Biomedical Informatics Research Network（fBIRN）。1. fMRI Basics受试者受到刺激后，在功能磁共振成像fMRI中，大脑的某些区域诱发BOLD血液动力学反应功能（HRF）。 首先通过使用运动校正执行分析，然后将每个体素的时程与刺激时间表（与假设的HRF形状进行卷积）相关联。 结果是对每个体素上每个条件的HRF振幅的估计，各种条件的HRF
2020-05-29 10:22:27
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原创 Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(2.1 Individual fMRI Integration ) 8/13
本教程的目的是通过与来自单个受试者的数据进行交互，使您熟悉在FreeSurfer中执行fMRI集成所需的概念。 本教程利用了功能生物医学信息学研究网络Functional Biomedical Informatics Research Network（fBIRN）的数据。1. fMRI Basics在功能磁共振成像中，刺激被呈现给受试者，从而在大脑的某些区域诱发BOLD血液动力学反应功能（HRF）。 首先通过使用运动校正执行分析，然后将每个体素的时程与刺激时间表（与假设的HRF形状进行卷积）相关联。
2020-05-28 11:35:26
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