fsl弥散图像预处理

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分类专栏： 神经影像合集-Freesurfer/FSL/R/python 磁共振数据分析/临床预测模型/机器学习/深度学习 文章标签： linux
于 2022-09-16 13:46:58 首次发布
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本文详细介绍了FSL（FMRIB Software Library）中进行弥散图像预处理的步骤，包括dcm2nii转换、ROI提取、屏蔽创建、Eddy校正、DTI拟合以及FIRST皮质下分割等操作。使用了诸如dcm2nii、fslroi、bet、eddy_correct、dtifit和first等FSL工具，并涉及到设计矩阵、表面分析和随机化统计等概念。
摘要由CSDN通过智能技术生成
  • FSL
    • 预处理
      • dcm2nii *.dcm
      • fslroi *.nii b0 0 -1 0 -1 0 -1 0 1
      • bet b0 b0.bet -m -f 0.2 -R
      • eddy_correct *.nii eddy - trilinear
      • dtifit -k eddy -o dti -m b0.bet_mask -r *.bvec -b *.bval --kurt
    • bet
      • bet 1.nii 1-bet.nii -m -f 0.4 -R
    • run_first_all #皮质下分割
      • first_utils --vertexAnalysis --usebvars -i concatenated_bvars -d design.mat -o output_basename [--useReconNative --useRigidAlign
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使用FSL对DTI数据进行预处理
weixin_52073820的博客
05-28 3437
在fsl官网我们可以看到是同时使用了AP和PA图像处理，采用的是最小二乘法将2个图像合并为1个图像。–inindex此处需要处理的是PA图像，在acq_param.txt中我们是把这个放在第一行的，此处为1，如果处理的是AP图像，则此处为2。为了校正磁场引起的畸变，对DTI的B0像分别采集了A>P和P>A的反向编码的两种B0像。即如果AP和PA只有1个B0像时，那么这里就是两行，如果各有3个B0像则这里应该是6行。假设转换后的图像为sub01_AP.nii.gz和sub01_PA.nii.gz。
BrainPrep:通过FSL和ANT在大脑MR图像上进行预处理的流水线，包括配准，颅骨剥离，偏置场校正，增强和分割
05-19
脑MRI序列的预处理 这是对ADNI数据集的大脑MR图像进行预处理的管道通过使用FMRIB软件库（ FSL ）和高级归一化工具（ ANTs ）。 1.安装FSL和ANT 按照说明下载并安装FSL 。 从或源代码编译ANT 。 2.安装Python软件包 所有必需的库如下所示： tqdm 麻木 科学的 py 尼巴​​贝 matplotlib sciKit-fuzzy（可选） scikit-learn（可选） 3.下载数据集 此仓库中使用的数据集是ADNI1和ADNI2的AD和NC筛选图像。 见。 这是原始图像的一个样本。 4.重新组织文件 将工作目录切换到src 。 运行reorgnize.py，它将ADNI1和ADNI2合并到一个文件夹中。 python reorgnize.py 5.注册 运行registraion.py通过FSL FLIRT将图像转换为模板的坐标系。
FSL 处理大脑图像（预处理）
zkp_lovefym的博客
05-20 9439
一、TBSS处理数据大致流程1.经过mriconvert转换之后，得到每个被试的4D数据，b值以及向量2.fslroidatanodif01%chooseanoweightedimaging,namednodif从4D图像中选出一张需要的图像,0表示选择从第几个volume开始，1表示选择图像的个数3.betnodifnodif_brain-m-f0.2%generatebinarybrainmask（-m）,fractionalintensitythresho...
使用fsl工具箱批量预处理sMRI图像过程
Ailei_Jiang的博客
12-15 3006
fsl入门实操参考
FSL预处理功能像数据
Iris_bysshqx17的博客
09-05 8131
简介 FSL和AFNI以及SPM一样，是一款常用的神经影像数据处理软件。目前FSL已经出到6.0版本，我们可以通过FSL的官网来学习如何安装和使用FSL。这里是官方的安装指导页面。 要注意的是，FSL的安装是基于Python2的，并且FSL需要运行在Linux系统上。使用windows的用户可以通过虚拟机，双系统或者像我一样在移动硬盘上装一个Linux系统来使用FSL。 关于功能磁共振图像的预处理...
MRI数据预处理--使用FSL-BET轻松去头骨，提取脑组织
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使用fsl进行MRI脑图像分析，安装教程，fsl Course，bet去除颅骨，fslroi选取感兴趣区域，FAST分割+偏置场校正，Partial Volume Segmentation 图像分割结果，fslstats 统计，FIRST 皮层下结构分割及统计分析，Vertex ...
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第一步：下载数据 任务：the Flanker task 数据来源：Openneuro 第二步：描述the Flanker task 认知心理学的经典实验，作用为评估忽略干扰刺激的认知能力。 被试的任务：用按键指出图片中最中间的箭头的方向。图片分为两类： 一类是中间箭头方向与左右不一致（Incongruent）；一类是中间箭头方向与左右两边一致(Congruent)。 如果想自己体验这个认知实验...
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