FSL功能磁共振处理工具：feat（1）

最新推荐文章于 2023-05-17 09:08:32 发布
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分类专栏： MRI data 文章标签： fsl feat gui
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版权
本文介绍了FSL中的FEAT工具在功能磁共振影像分析中的应用，包括预处理步骤如从DICOM转NifTI、去除首帧、切片时间校正、头动修正和空间平滑等，并探讨了时间漂移滤波的重要性。FEAT提供GUI界面和命令行两种调用方式，适用于各种复杂的实验分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

基本介绍

功能

FSL的FEAT工具主要用在功能磁共振影像fmri的分析中。FEAT提供了fmri 的预处理和对实验设计简单的统计分析功能，同时也具有足够的灵活性以允许对最复杂的实验进行复杂分析。

调用方式

和FSL的诸多命令一样, feat提供了GUI界面和命令行调用两种方式. 启动feat的GUI界面, 可以在shell控制台中输入fsl, 点击feat按钮, 弹出界面如下图所示:
在这里插入图片描述

GUI界面的最上面有两个按钮, 是基本任务选择: first-level analysis 和 high level analysis , 在first level analysis 中, 还有Full analysis, preprocessing 和 statistics 三种选择. 对于high level analysis, 就只有statistics这一种.

对于命令行调用方式, 只需要配置好需要的fsf文件即可. fsf文件中记录了所有的设置选择. 在GUI界面上设置好后, 可以点击最下面的 Save 按钮进行保存设置到.fsf文件中. 英国biobank在批处理pipeline中就采用了设置fsf配置文件的方法。

FMRI的预处理过程：

  1. DICOM to NifTI : 压缩成NifTI格式
  2. remove first images: 去掉开始的几张
  3. slice timing：扫描时间修正
  4. realign：头动修正
  5. temporally detrend： 去时间漂移

最低0.47元/天 解锁文章
lxy_Alex
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