Windows10源码编译安装RDKit

引言

RDKit是一个非常重要的库，可是它的安装却非常不友好。我尝试了使用conda安装，但是按照博客上写的方法，都无法安装。因此，我只好硬着头皮按照RDKit官网上提供的方法安装。RDKit是由C++语言编写的，因此在WIndows下的安装需要从源代码进行编译，困难重重。

下面是官方的安装教程

rdkit/Install.md at master · rdkit/rdkit · GitHub

第一步：准备

Prerequisites

• python 3.6+ (from Welcome to Python.org)
• numpy (from http://numpy.scipy.org/ or use pip install numpy). Binaries for win64 are available here: http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#numpy
• Pillow: (from https://python-pillow.github.io/> or use pip install Pillow)

Recommended extras

• matplotlib: a library for scientific plotting from Python. Matplotlib — Visualization with Python
• ipython : a very useful interactive shell (and much more) for Python. http://ipython.scipy.org/dist/

以上内容都是常规操作，我就不细说了。

安装Microsoft Visual C++

官方建议安装Microsoft Visual Studio 2015或者2017版本 ，社区版即可

安装cmake

直接下载即可

安装boost 

在安装boost的过程，遇到了第一个大的障碍。我一开始是按照RDKit官方给出的方法安装boost，但是一直会导致后续cmake步骤出现错误

Could NOT find Boost (missing: python3) (found version "1.76.0") - CMake Windows

因此，经过我的摸索和验证后，正确的安装boost方法如下：

先打开网址：

Boost C++ Libraries - Browse /boost-binaries/1.66.0 at SourceForge.net

从中选择boost_1_66_0-msvc-14.0-64.exe下载，然后双击安装。安装的路径设置为C:\boost

安装完成之后，需要将C:\boost下的libboost_1_66_0文件夹重命名为lib

Setup and Preparation

第一，把自己的python解释器的路径确认好，并将其加入到windows的系统变量中去。例如，我的python解释器是在conda中的，那么python解释器的路径就设置为C:\Users\10544\anaconda3\envs\SMR

即，Path对应的环境变量中增加C:\Users\10544\anaconda3\envs\SMR

第二，将官网下载的RDKit压缩包解压到C盘，路径为C:\RDKit

第三，在系统的环境变量中再增加一些对应的内容

• RDBASE = C:\RDKit
• Path中增加 `C:\Python36
• Path中增加 ‘C:\RDKit\lib'
• Path中增加 ' C:\boost\lib'
• PYTHONPATH = 'C:\RDKit'

Building from the command line

在C:\RDKit创建build文件夹

打开cmd，输入

cd C:\RDKit\build

由于我们不需要安装INCHI、AVALON和PGSQL，因此我们只需如下的命令

cmake -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=ON -DBOOST_ROOT=C:/boost -G"Visual Studio 14 2015 Win64" ..

运行之后可能会报错

需要安装Freetype，从下面的网址下载压缩包，解压

https://github.com/freetype/freetype

将F:\freetype-2.5.3\builds\windows\vc2010中的sln用Visual Studio打开，选择RELEASE，x64

然后运行编译

会在F:\freetype-2.5.3\objs\win32\vc2010中生成lib文件。

之后，将F:\freetype-2.12.1\objs的完整路径添加到环境变量FREETYPE_INCLUDE_DIRS中；将F:\freetype-2.12.1\include的完整路径添加到环境变量FREETYPE_LIBRARY中。

如果这样还是会报错的话，执行下面的命令

cmake -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=ON -DBOOST_ROOT=C:/boost -DFREETYPE_INCLUDE_DIRS='F:\freetype-2.12.1\include' -DFREETYPE_LIBRARY='F:\freetype-2.12.1\objs' -G"Visual Studio 14 2015 Win64" ..

Build the code. Here's an example command line:

在cmd中输入

C:/Windows/Microsoft.NET/Framework64/v4.0.30319/MSBuild.exe /m:4 /p:Configuration=Release INSTALL.vcxproj

可能会报错

"C:\Microsoft.Cpp.Default.props" was not found

解决方法如下：

1.需要在系统环境变量中添加路径

VCTargetsPath = C:\Program Files (x86)\MSBuild\Microsoft.Cpp\v4.0\v140\

2.还需要更改注册表

将 计算机\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\MSBuild\ToolsVersions\14.0中，新建一个名称

VCTargetsPath = C:\Program Files (x86)\MSBuild\Microsoft.Cpp\v4.0\v140\

同样地，在  计算机\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\MSBuild\ToolsVersions\4.0中，新建一个名称

VCTargetsPath = C:\Program Files (x86)\MSBuild\Microsoft.Cpp\v4.0\v140\

解决了上述问题后，再次运行

C:/Windows/Microsoft.NET/Framework64/v4.0.30319/MSBuild.exe /m:4 /p:Configuration=Release INSTALL.vcxproj

可是，我还是遇到了报错

c:\rdkit\code\rdgeneral\Dict.h(276): error C2039: 'string_view': is not a member of 'std' [C:\RDKit\build\Code\RDGeneral\RDGeneral.vcxproj]

 经过搜索，发现这个问题似乎与C++17有关。需要使用C++17及以上的特性才能避免报错。

c++ - How to enable /std:c++17 in VS2017 with CMake - Stack Overflow

c++ - How to command line compile a Visual Studio project using msbuild and setting C++17? - Stack Overflow

‘string_view’ is not a member of ‘std’ error. c++ version error? - Newbie - ROOT Forum

可是我尝试了好长实际，还是报错

我也尝试了安装VS 2022，VS 2017，但还是报错。

截止现在，这个问题还是没有解决，如果解决了，我会更新的。

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更新

2022年8月2日13:23:33

 由于尝试了很久仍然无法解决这个问题，最终我使用conda安装成功了。

具体可以参阅

http://t.csdn.cn/sdT2P