2019年05月_Candle_light

原创【生信进阶练习1000days】day9-BSgenome和AnnotationHub

文章目录1. BSgenome packages2. AnnotationHub2.1 查询AnnotationHub2.2 AnnotationHub Data providers, Data classes, Species， Data sources2.3 AnnotationHub query2.4 AnnotationHub exercises2.5 AnnotationHub使用的报错...

2019-05-31 09:26:58 1139

原创【生信进阶练习1000days】day8-OrganismDb.dplyr包

文章目录学习章节1. OrganismDb.dplyr 包1.0 基础用法1.1 获取TxDb对象中的启动子1.2 Extract a table from the underlying database1.3 执行一个复杂查询 Make a complex query between tables in the underlying database1.4 Organism.dplyr 练习学...

2019-05-30 09:08:20 395

原创【生信进阶练习1000days】day7-RSQLite的使用

学习来源：https://cran.r-project.org/web/packages/RSQLite/vignettes/RSQLite.html文章目录1. 创建一个新的SQLite数据库2. Loading data (加载数据)3. Queries (查询)4. Batched queries5. Multiple parameterised queries6. Satements参...

2019-05-29 10:35:27 905

原创【生信进阶练习1000days】day6-OrganismDb packages

文章目录OrganismDb packagesOrganismDb packagesOrganisamDb packages是汇总了相应物种的OrgDb, TxDb和 GO.db的元数据包，它允许各个包之间的交叉查询。我们可以使用之前提到的函数 select(), mapIds,transcripts等等对包中注释内容进行提取library(Homo.sapiens)Homo.sapi...

2019-05-29 10:24:54 298

原创【生信进阶练习1000days】day5-TxDb等注释包的使用

文章目录1. 各种常用注释包简介1.1 TXDb1.2 EnsDb packages1.3 不常规使用示例2. GRanges，Ranges2.1 GRanges2.2 GRangesList2.3 其它用于注释包中选取信息的函数3. TxDb包相关小练习1. 各种常用注释包简介1.1 TXDbTxDb包，包含位置信息。包里的注释内容，可以通过包名来判断。包名的格式是：TxDb.Speci...

2019-05-27 09:59:38 4793

原创【生信进阶练习1000days】day4-Annotation包中mapIds函数的使用

文章目录1. The mapIds function1.1 multiVals的使用1.2 小练习1. The mapIds function**mapIds()函数与select()**函数功能相似，但它可以对数据中出现的重复元素进行清理mapIds与select函数在参数上的不同之处在于：columns 参数，只能选择一个columnkeytype 参数必须指定mapIds 包含...

2019-05-27 09:57:40 5569 1

原创【生信进阶练习1000days】day3-Bioconductor annotation resources

学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/introduction-to-bioconductor-annotation-resources.html文章目录学习章节1. Introduction to Bioconductor annotation resources1.1 本次练习所使用到的R包1.2 学习目的2. Annotatio...

2019-05-23 09:11:32 767

原创【生信进阶练习1000days】day2-学习summarized experimental data与Down stream analysis

学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/r-and-bioconductor-for-everyone-an-introduction.html#working-with-summarized-experimental-data文章目录学习章节1. Working with summarized experimental data1.1...

2019-05-22 14:25:25 1544

原创【生信进阶练习1000days】day1-Bioconductor的一些补充小用法与Working with Genomic Ranges

学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/r-and-bioconductor-for-everyone-an-introduction.html#introduction-to-bioconductor文章目录学习章节1. Bioconductor的一些补充小用法2. Working with Genomic Ranges2.1 imp...

2019-05-22 08:48:30 1606

原创 Linux下建立MySQL数据库,并安装RMySQL包，报错及解决

文章目录1. Linux上安装MySQL2. 安装MySQL过程中的报错解决方案`报错1：`[ERROR] Fatal error: Please read "Security" section of the manual to find out how to run mysqld as root!3. Windows端使用Navicat访问远程Linux上的MySQL4. MySQL配置，供远程...

2019-05-10 14:22:14 975

原创服务器上搭shinyApp：shiny-server配置及报错解决

文章目录1. 下载安装shiny-server2. shiny-server的服务器配置3. shiny-server的常规管理操作4. 报错收集报错1 可以登陆了，但是出现闪退： Shiny app - “Disconnected from the server. Reload.”报错2 Error in loadNamespace(name) : there is no package cal...

2019-05-10 14:10:22 8137 2

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