生态学笔记：利用Rstudio V.PhyloMaker包构建系统发生树

"We present V.PhyloMaker, a freely available package for R designed to generate phylog-enies for vascular plants. " (Yi Jin, Hong Qian.)

V.PhyloMaker是一款应用于R的资源包，存储了数以万计的维管束植物的系统发生信息。V.PhyloMaker由贵州师范大学生命科学学院金毅教授等人开发，涵盖了74533种维管束植物的基本信息，为想要避免繁琐地查找基因/蛋白质数据的用户构建系统发生树提供了便利。

1.在Rstudio中，输入如下命令，以安装devtools包：

install.packages("devtools")

# 用于便捷地安装下面的三个包

2.在Rstudio中，输入如下命令，以安装V.PhyloMaker、plantlist和decipher三个包：

devtools::install_github("jinyizju/V.PhyloMaker")
devtools::install_github("helixcn/plantlist")
devtools::install_github("topics/decipher")

3.在Rstudio中，输入如下命令，以便生成系统发生树存储的信息文件：

library("picante")
library("V.PhyloMaker")
library("plantlist")

speciesData = read.table(<这里是物种信息存放的csv文件，每行一个物种名>, header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1, quote = "")

speciesList = rownames(speciesData)
speciesInfo = subset(TPL(speciesList), select = c("YOUR_SEARCH", "POSSIBLE_GENUS", "FAMILY"))
colnames(speciesInfo) = c("species", "genus", "family")

speciesTree = phylo.maker(sp.list = speciesInfo)
finalTree = speciesTree $scenario.3

write.tree(finalTree, <系统发生树信息导出的文件名，以.tre结尾>)

# 本段代码参考了原始文献：V.PhyloMaker: an R package that can generate very large phylogenies for vascular plants.

4.在此之后，有两个可选方案：

①：本地软件处理（以FigTree为例）

1.安装FigTree软件所需的java环境；

2.安装FigTree软件；

3.用FigTree打开上面生成的.tre文件。

②：在线处理：

1.将.tre文件上传至https://itol.embl.de/

2.对系统发生树进行后续处理。

参考资料：

[1]雨林课堂. V.PhyloMaker：维管束植物系统发育树构建实践. CSDN-rainforestist/article/details/124144148

[2]Yi Jin, Hong Qian. V.PhyloMaker: an R package that can generate very large phylogenies for vascular plants. ECOGRAPHY.

[3]王雷宏, 王灿辉, 张华莲,等. 金寨天马自然保护区山核桃群落的系统发育结构[J]. 东北林业大学学报, 2020, 48(7):5.

[4]刘乐乐. 功能性状的谱系信号与谱系独立比较的分析方法-代码分析. 博客园-liulele/p/14604938