2018年07月_爱笑的小牙

转载 bam（sam）格式文件转化为fasta格式

bam2fasta的转变方式：samtools view input.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > output.fastasam2fasta的转变方式cat *.sam | awk '{print ">"$1"\n"$10}' > *.fasta查看bam文件 samtool

2018-07-31 09:47:00 17734

原创 linux下把软件添加到环境中遇到的问题总结

1.把路径添加到.bashrc中，（1）遇到如下问题：syntax error near unexpected token `(' 的错误原因是：linux5.0之后，是不能带有括号的，这个时候就需要转译了。方法：rm -f HIBIKI_API(1).jar →1.rm -f HIBIKI_API$1$.jar ...

2018-07-24 21:05:37 577

原创 read length histogram

1.先统计fastq里面reads length 数目。awk 'NR%4 == 2 {lengths[length($0)]++} END {for (l in lengths) {print l, lengths[l]}}' 91.fastq >read_length.txt 2.用R语言画图读取文件：reads<-read.csv(file="read_leng...

2018-07-22 16:56:28 686

转载 Linux软连接和硬链接

最近在做项目时，看到 ->，百度了下，才知道是软连接。顺便知道了硬链接和软链接的区别。Linux链接分两种，一种被称为硬链接（Hard Link），另一种被称为符号链接（Symbolic Link）。默认情况下，ln命令产生硬链接。硬连接硬连接指通过索引节点来进行连接。在Linux的文件系统中，保存在磁盘分区中的文件不管是什么类型都给它分配一个编号，称为索引节点号(Inode In...

2018-07-18 21:17:41 141

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长度的大片段(mate-pair)文库，将原本孤立的contig按序前后连接，其中会调整contig方向以及contig可能会存在开口(gap...

2018-07-18 21:03:07 6174

原创对于linux 难删除的文件

这里说的难删除，一般是rm filename ,rm -f filename 都没法删除的文件（考虑过因为权限问题，所以加sudo，还是没办法解决）比如：没法删除\192.168.1.205XXXX.biom文件。解决办法：sudo rm ./*91.biom原因是：前面有转译符/ 会认为是根文件，所以就需要加上./ 。 ...

2018-07-18 12:41:06 228

原创本地(windows)文件和linux之间的互传

从本地上传文件到linux的方法：1.百度搜索是scp （在ip后面的“：/” 不能有空格）scp /home/administrator/Desktop/old/driver/test/test.txt uesr_name@user_ip:/root/如果是文件夹，在scp后面加一个-r即可2.ftp上传（提示错误，放弃）3.用mount方法，没试过4.用lrzsz 方法...

2018-07-17 18:11:37 269