NIPTeR包分析 NIPT

最新推荐文章于 2023-07-03 16:45:53 发布
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分类专栏： 生物信息分析 回顾
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本文链接：https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/89636482
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前段时间一直纠结于，用NIPTeR包分析·NIPT数据时，报错的问题，后面知道是从NCBI下载的数据不适用于这个包，其实写这个包的大神有提供数据，在他的github上的，下载test_samples文件下的数据，进行测试。里面有R的源码，以及每一步运行的数据。

一般大神都有github账号，所以通过这种办法可以找到其他包的测试数据，更方便理解包的用途以及使用手法。 

library(NIPTeR)

用RStudio打开NIPTeR_cleaned_87_controls.rds即可进行其他操作，见https://github.com/Cassiel60/NIPTeR

爱笑的小牙
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使用NIPTeR包分析NIPT遇到的问题
Cassiel60的博客
03-29 638
library(NIPTeR) #Gather all bam filepaths in a vector. Corresponds to 1a in figure bam_filepaths <- list.files(path = "/Path/to/bamfiles/", pattern = ".bam", full.names = T) #Load all bam files us...
不用R包分析NIPT
Cassiel60的博客
04-10 1118
比如从NCBI上面下载的优讯医学上传数据，发现用R包用不了时，可以这么做： 1.进行比对 # bwa mem 目前用的比较多 bwa mem -t 16 -M -Y hg19.fa SRR6040607.fastq.gz | samtools view -bSh -t 16 -f bam > SRR6040607.bam #或者用： bwa aln -n 0 -e 0 -k 0 ...
NIPT无创产前分析思路
weixin_33905756的博客
10-17 496
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> ...
NIPT样本分析题目
kai_hui’ blog
08-04 1333
题目1： step1: 安装R程序： 下载地址：https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/R-3.5.1-win.exe 记住安装位置，默认安装位置C:\Program Files\R\R-3.5.1 step2:打开终端， win+R键，输入cmd，确定，进入终端 step3：打开R程序（下面是默认安装位置的进入方法） 在终端输入 ...
NIPT聚类项目说明
weixin_30646315的博客
03-13 176
NIPT聚类项目说明 目的：使用聚类分析将NIPT分为可信的几类，然后根据该类的特征去预测以后数据的分类 该项目有两种文件：GC值和样本信息 现根据GC值先聚类，然后再剔除不合群的值，在聚类。（难点：如何去除离群值） 看聚类的结果加上样本信息，用决策树判断聚类的效果，看是否理想（难点：聚类的效果） 然后用测试集验证 聚类分析的一般步骤： 1.选择合适的变量 2.缩放数...
使用WisecondorX分析CNV
qq_42189072的博客
05-10 1786
WisecondorX是一个开源的可以分析低深度全基因组CNV的软件，不仅可以分析NIPT样本，也可以分析gDNA、PGT、FFPE等样本[1]。该软件的下载路径如下：https://github.com/CenterForMedicalGeneticsGhent/WisecondorX 该软件的安装方法有两种，第一种是用pip安装，这种安装方法不能安装所需依赖的R包；另外一种方式是使用conda安装，这种安装方法可以将所需的依赖包都安装完整。 ###pip安装 pip install -U git+h.
NIPT的学习
Cassiel60的博客
03-22 1788
非侵入性产前检测（NIPT）是一种基于使用新一代测序分析母体血液中无细胞胎儿（cff）DNA的方法。基本方法相对简单：从母体血浆中分离无细胞DNA，并对获得的DNA片段进行测序。随后计数源自不同染色体的DNA片段的数量，因为在胎儿三体性的情况下，预期三体染色体的读数部分的相对增加。 原理是：http://www.nicpbp.org.cn/directory/web/WS02/i...
NIPT需要多大的数据量（reads number）？
weixin_30612769的博客
05-24 918
NIPT需要多大的数据量（reads number）？ 调研 2014 Noninvasive prenatal diagnosis of common aneuploidies by semiconductor sequencing 报道Approximately 65.5% (3.6 million) 2008 Noninvasive diagnosis of fetal aneup...
NIST随机数测试软件下载，安装、和使用，分析方法最新版(19年4月)
weixin_39928192的博客
04-12 2万+
NIST随机数测试软件下载，安装、和使用方法NIST简介NIST下载与安装NIST软件的使用NIST软件使用过程中可能的出错如何查看finalAnalysisReport.txt和freq.txt总结 毕设设计了一个伪随机数生成器，用到了NIST检验伪随机数的随机性，现在由于软件的更新等原因，以前前辈的博客里或多或少有些小问题，这里写个博客总结一下博主安装及使用过程中的经验。 NIST简介 NIS...
常用的数据可视化工具及图形
holiday0的博客
09-05 5334
一、美颜工具类 这类数据可视化工具的特点是：网页轻服务，轻巧易上手，高度风格化。 工具 特点 网址 Inforgram 应用场景精准，图表动画功能是亮点 https://infograom.com/ Piktochart 多用于地图功能免费 https://pitocharc.com/ Venngage 模板超多场景超多，还免费 https://infograph.venn...
生信分析：无创产前检测
最新发布
friendxuan的专栏
07-03 961
本文将围绕无创产前检测（Non-invasive Prenatal Testing, NIPT），为初入NIPT研究的新人提供基础知识，为生物信息研发人员梳理相关文献、总结关键研究内容。
RVAS（rare variant association study）知识
闲敲棋子落灯花
04-19 1576
多基因罕见疾病常用到RVAS(rare variant association study)，这里对学习的内容做一个整理。不断补充。 RVAS是个什么鬼？居然将替代GWAS 摘自周在威老师的微信公众号 基因检测与解读 1，GWAS方法通过基因芯片技术系统地评估常见遗传变异（通常是SNP，在人群中的频率MAF大于5%）对疾病的影响，到目前为止，已经有2000多个SNP发现与疾病相关。 2，只能...
Exomiser疾病表型与遗传变异关联分析分析
Cassiel60的博客
03-21 2259
从周在威老师那里了解到exomiser这款分析软件，初次实验了下，感觉还是挺有帮助的，尤其是对于全外数据或者全基因组数据。 在使用前需要了解： 1.该软件是用java写的，所以需要系统有java 2.看它的官方文档，知道他是干什么的名字，怎么用。官网https://exomiser.github.io/Exomiser/ 操作文档：https://exomiser.github.io/E...
WGCNA将共表达基因与表型数据相关联
庐州月光的博客
11-06 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 单纯的共表达基因集合的结果并不能与我们的实验设计相关联，对于识别到的几十个共表达基因集合，一一进行富集分析去挖掘其功能，看上去如此的盲目，没有目的性，所以我们需要对共表达基因集进一步挖掘，常规的做法就是分析其中与性状相关的共表达基因，然后针对这些基因通过富集分析来研究其功能。 在WGCNA中，有两种常见的关联表型与共表达基因的方法 1. 相关性分析 这种方法要...
具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析
APTX2334869的博客
08-15 3062
具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 在正式参加研究僧数学建模比赛...
用R做GO功能注释和KEGG通路富集分析
热门推荐
Cassiel60的博客
04-19 2万+
KEGG -GO主要是使用R 中clusterProfiler包进行富集分析 以及使用pathview 包进行代谢途径整合和可视化。 进行在线分析的：https://pathways.embl.de/ 1.代码：https://github.com/Cassiel60/R/blob/master/enrichment.r 2.安装包：使用代码中的方法要多尝试几次，反正我第一次安装时就是安装...
EMBOSS的安装以及使用
Cassiel60的博客
03-06 1万+
EMBOSS 是欧洲分子生物学开放软件包，主要做序列比对，数据库搜搜，蛋白模块 分析和功能域分析，序列模式搜索， 引物设计等。 一些常见的应用。具体使用及功能可以参照http://emboss.sourceforge.net/apps/ 或者在/EMBOSS-6.6.0/emboss路径下,输入./prophet--h 查看（仅仅输入prophet --h 会提示The program 'p...
多个vcf文件合并
Cassiel60的博客
03-29 1万+
看起来用vcftools中的vcf-merge 1.vcf 2.vcf >out.vcf 很简单，但是在使用过程中遇到很多问题： 1.安装vcftools时，https://vcftools.github.io/index.html。里面有多种方法下载，首先常规方法是https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/，安装后，执行不出来结果，...
二代测序文件fastq转换为fasta格式
Cassiel60的博客
07-16 1万+
awk '{if(NR%4 == 1){print "&gt;" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' xx.fastq &gt;xx.fasta
各种bam文件统计质量值的软件
Cassiel60的博客
04-04 7648
1.bamdst -- a BAM Depth Stat Tool 对bam文件进行统计 安装bamdst https://github.com/shiquan/bamdst git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git cd bamdst make make后直接help后，查看用法，有时候可能会提示bamdst不存在，本来已经存在...
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