Nature:进化新方式?线粒体DNA会插入我们的基因组

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来源:生物通

科学家们惊讶地发现,每4000个新生儿中就有一个会将线粒体中的一些遗传密码插入到我们的DNA中,这为人类的进化方式提供了新见解。

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剑桥大学和伦敦玛丽女王大学的研究人员表明,线粒体DNA也会出现在一些癌症DNA中,这表明它就像一块创可贴,试图修复我们遗传密码的损伤。这项研究成果于10月5日发表在《Nature》杂志上。

线粒体是细胞内的微小细胞器,它们像电池一样,以ATP分子的形式为细胞提供能量。每个线粒体都有自己的DNA,也就是线粒体DNA,它们与人类基因组的其他部分(细胞核DNA)截然不同。

线粒体DNA是通过母系遗传的——也就是说,我们从母亲而不是父亲那里继承了它。然而,美国辛辛那提儿童医院医疗中心的研究人员2018年发表的一项研究报告称,有证据表明,一些线粒体DNA是通过父系遗传的。

为了调查这种说法,剑桥大学的研究小组研究了11,000多个家庭的DNA,以寻找父系遗传的模式,这些家庭参与了Genomics England公司的10万人基因组计划。

研究人员在一些孩子的细胞核DNA中发现了线粒体DNA“插入物”,而这些“插入物”并不存在于他们父母的DNA中。这意味着美国团队可能得出了错误的结论:他们观察到的不是父系遗传的线粒体DNA,而是这些插入物。

现在,这项工作扩展到66,000多人。研究团队表明,线粒体DNA核转移是一个持续过程,新的插入实际上一直都在发生,这显示了我们基因组进化的一种新方式。

剑桥大学临床神经科学系的Patrick Chinnery教授解释说:“数十亿年前,原始的动物细胞吸收了一种细菌,这种细菌变成了我们现在所说的线粒体。它们为细胞提供能量,使其正常工作,同时去除高浓度的氧气。随着时间的推移,这些原始线粒体的一部分已进入细胞核,使它们的基因组能够相互交流。

“所有这一切都被认为是在很久以前发生的,大多是在物种形成之前,但我们发现这不是真的。我们可以看到这种情况正在发生,线粒体的遗传密码以一种可测量的方式转移到核基因组中,”他说。

研究团队估计,每4,000个新生儿中就有一个的线粒体DNA转移到核DNA上。如果这个人有了自己的孩子,他们就会把这些插入物传递下去。研究小组发现,我们大多数人都携带了5个新的插入物,七分之一(14%)的人携带了最新的插入物。在偶然情况下,这些插入物会引起极其罕见的疾病,包括罕见的遗传性癌症。

目前尚不清楚线粒体DNA是如何插入细胞核DNA的——是直接插入还是通过中间体(比如RNA)插入——但Chinnery教授表示,这很可能发生在母亲的卵细胞内。

在分析12,500个肿瘤样本的序列后,研究人员发现线粒体DNA在肿瘤DNA中更为常见,大约每1,000例癌症中就会有一例出现线粒体DNA,在某些情况下,癌症实际上是由线粒体DNA插入物引起的。

“我们的细胞核遗传密码一直被破坏,也一直在修复,”Chinnery教授说。“线粒体DNA似乎就像一个创可贴,帮助细胞核遗传密码自我修复。有时候这种方法是有效的,但在极少数情况下,这可能会使情况变得更糟,甚至引起肿瘤发生。”

超过一半(58%)的插入物位于编码蛋白质的基因组区域。在大多数情况下,身体会识别入侵的线粒体DNA,并通过甲基化的过程使其沉默。当病毒设法将自己插入我们的DNA时,也会发生类似的过程。然而,这种沉默的方法并不完美,因为一些线粒体DNA插入物会继续被复制,并在细胞核周围移动。

研究小组也在寻找相反情况的证据,也就是线粒体DNA吸收了一部分的细胞核DNA,但他们并没有找到。他们认为,以下几个原因也许能解释为什么会出现这种情况。

首先,细胞只有两个细胞核DNA拷贝,但线粒体DNA有数千个拷贝,所以线粒体DNA被破坏并进入细胞核的可能性大得多。其次,线粒体中的DNA被包裹在两层膜内,膜上没有孔,因此细胞核DNA很难进入。相比之下,一旦线粒体DNA成功跑出去,它们很容易通过核膜上的孔洞。

伦敦玛丽女王大学的Mark Caulfield教授表示:“我很高兴10万人基因组计划揭开了线粒体DNA和我们基因组之间的动态相互作用。这定义了DNA修复中的一个新角色,但偶尔也会引发罕见疾病,甚至是恶性肿瘤。”

参考文献

Nuclear-embedded mitochondrial DNA sequences in 66,083 human genomes

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