植物Cyverse数据存储注册及使用

植物Cyverse数据存储注册及使用

1. 植物Cyverse简介（https://cyverse.org/）

iPlant Collaborative是由美国国家基金会创建的虚拟组织，iPlant 于 2008 年 2 月 1 日正式创建，五年内每年的资金约为 1000 万美元，2017年该组织更名为Cyverse。目的是为植物科学创造网络设施，为现代科学研究提供平台。该项目综合了计算资源、生物信息学和计算生物学。通过提高数据访问和处理效率来促进研究人员的合作。它主要以美国为中心，在国际上开展合作【1】。

2. Cyverse注册

该数据平台需要先注册（https://learning.cyverse.org/projects/cyverse-account-creation-quickstart/en/latest/），在注册网站（https://user.cyverse.org/）完成注册，需要邮箱确认，之后就可以使用账号和密码登录。
注册步骤如下：

3. Cyverse介入软件下载

Cyverse是一个数据存储平台，使用Cyverse，需要特定的软件介入，实际上是通过软件下载和上传数据。具体的操作可以详细参看【2】的内容。操作前的必要条件是下载好相应的软件，具体的要求如下：

其中账号注册我们已经完成，下面需要下载数据访问软件，比如Cyberduck（图形操作软件）和iCommand（unix系统软件），我们有Ubuntu系统电脑，选择后者（iCommand），我19年下载的是irods-icommands-4.1.10-ubuntu14-x86_64.deb，目前可以访问软件仓库下载（https://files.renci.org/pub/irods/releases/）。该网站中提供了下载安装方法，参看下面链接：

https://learning.cyverse.org/projects/data_store_guide/en/latest/step2.html

该链接中存在CentOS、Ubuntu18.04、Ubuntu20.04、Arm64/Aarch64和MacOS中的安装方法，比如Ubuntu18.04如下：

wget -qO - https://packages.irods.org/irods-signing-key.asc \
  | sudo apt-key add -
echo "deb [arch=amd64] https://packages.irods.org/apt/ $(lsb_release -sc) main" \
  | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/renci-irods.list
sudo apt-get update
sudo apt install irods-icommands

4. 使用iCommand

第一次登录使用iinit命令，实际多数的是一些简单的Linux命令前面添加字母i构成。详细命令参照下面链接：

https://docs.irods.org/master/icommands/user/

我是为了下载数据，使用iinit登录数据中心，然后修改到特定的目录后icd，开始下载数据，使用iget完成。
以下面链接的数据为例：

https://datacommons.cyverse.org/browse/iplant/home/shared/commons_repo/curated/Copetti_Kyuss_assembly_annotation_March_2021

操作命令如下：

icd /iplant/home/shared/commons_repo/curated/Copetti_Kyuss_assembly_annotation_March_2021

## 返回当前工作目录
ipwd
/iplant/home/shared/commons_repo/curated/Copetti_Kyuss_assembly_annotation_March_2021

 
 ## 查看文件
ils
/iplant/home/shared/commons_repo/curated/Copetti_Kyuss_assembly_annotation_March_2021:
  Kyuss_1697_KYUS.gff
  Kyuss_1697_KYUS_CDS.fa
  Kyuss_1697_KYUS_proteins.fa
  Kyuss_1697_assembly.fa
  Kyuss_1697_repeats.gff
  readme.txt
  
## 选择特定的文件下载即可，假定下载这个蛋白文件
iget Kyuss_1697_KYUS_proteins.fa

以上，为简单使用Cyverse和iCommand，仅为记录。

参考

1. https://en.wikipedia.org/wiki/IPlant_Collaborative
2. https://learning.cyverse.org/projects/data_store_guide/en/latest/index.html#