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我是大南瓜
个人学习笔记
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R包WGCNA---转录组WGCNA共表达网络构建(基本概念)
R包WGCNA---转录组WGCNA共表达网络构建(基本概念)原创 2022-11-06 23:29:33 · 1790 阅读 · 2 评论 -
Endnote X9文献管理器应用---使用总结
Endnote文献管理器应用---使用总结原创 2022-11-01 19:53:19 · 675 阅读 · 0 评论 -
Naopore基因组数据组装软件---NECAT下载试用
Naopore基因组数据组装软件---NECAT下载试用原创 2022-09-18 21:59:31 · 813 阅读 · 0 评论 -
基因组组装---Nanopore数据评估(nanoqc和NanoPlot套件工具)
基因组组装---Nanopore数据评估(nanoqc和NanoPlot)原创 2022-09-15 23:02:51 · 3291 阅读 · 4 评论 -
TargetFinder下载使用---miRNA靶点识别
TargetFinder下载使用—miRNA靶点识别1. 软件下载安装GitHub中下载zip文件压缩包,解压后,进入文件夹unzip TargetFinder-master.zipcd TargetFinder-master/软件运行依赖Perl (v5.8+)FASTA35 binaries from (http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml)FASTA35链接中下载的是FASTA36了(2022-3-1原创 2022-03-11 22:00:52 · 1531 阅读 · 6 评论 -
相关系数pearson、spearman、kendall和R语言中的cor/or.test()
相关系数pearson、spearman、kendall和R语言中的cor/or.test()原创 2022-09-04 21:48:22 · 4647 阅读 · 0 评论 -
R语言---PCA/tSNE/UMAP降维计算
R语言---PCA/tSNE/UMAP降维计算原创 2022-09-14 23:06:28 · 5122 阅读 · 0 评论 -
NGS基础---Plink文件格式ped/map和bed/bim/fam
NGS基础---Plink文件格式ped/map和bed/bim/fam原创 2022-09-08 23:35:41 · 8874 阅读 · 0 评论 -
Conda Error---AttributeError: ‘NoneType‘ object has no attribute ‘loader‘ for matplotlib
conda Error原创 2022-08-30 15:21:52 · 659 阅读 · 0 评论 -
基因组组装---基因组大小评估(genome survey)
基因组组装---基因组大小评估(genome survey)原创 2022-08-29 22:29:57 · 6432 阅读 · 0 评论 -
NCBI/BIG测序数据下载---通过Aspera下载拟南芥T2T原始数据
NCBI/BIG测序数据下载---通过Aspera下载拟南芥T2T原始数据原创 2022-08-28 00:06:11 · 2673 阅读 · 0 评论 -
Naopore基因组数据组装软件---NextDenovo下载试用
Naopore基因组数据组装软件---NextDenovo下载试用原创 2022-08-27 21:45:09 · 1678 阅读 · 0 评论 -
植物叶片叶绿素测定
测定叶绿素a(Ca),叶绿素b(Cb)和类胡萝卜素(Cx)的波长吸光度,可以通过公式计算得到Ca、Cb、Cx和叶绿素总浓度(Ct=Ca+Cb)的浓度。依据不同的物质的不同波长的比吸收系数,可以测定已知浓度的纯物质在不同波长的吸光度。植物叶绿素含量直接影响植物的光合作用和作物产量,是植物的重要的生理指标,与植物胁迫响应、逆境和衰老密切相关,也可以反应植物的生长发育情况。通常操作选取的叶片大概为0.1g,剪碎放入装有5ml95%以纯的10ml离心管中,暗处理24h,即可测量其吸光度。...原创 2022-07-18 15:04:56 · 18840 阅读 · 4 评论 -
PH测定仪、电导率测定仪、叶绿素荧光测定仪使用
该仪器使用时首先测定对照溶液的电导率S0,然后开始测量叶片样品在水中浸泡24h的电导率S1,最后将测量样品沸水浴30min,放凉至室温后,再次测量电导率S2。(5)测量后重复操作(1),并将探头放入CaCl2或KCl的饱和溶液中,用来保护pH测量仪探头的灵敏度。通常,可以使用数据线传输的,但是这个仪器存储功能损坏,因此只能拍照留存,手动输入到电脑中。操作步骤,使用仪器的叶片夹夹住待测叶片,暗处理15-20min,然后开始测量。将结果导出到自己的U盘中,清理电脑,检查酶标仪并清理干净,关机即可。......原创 2022-07-17 22:39:41 · 1534 阅读 · 1 评论 -
安装Rstudio Desktop和Rstudio Server免费版本
安装Rstudio Desktop和Rstudio Server免费版本原创 2022-06-20 15:16:00 · 3329 阅读 · 0 评论 -
群体Polymorphism information content(PIC)、 Nei diversity index (Nei s) 和 Shannon index (I)计算方法
根据文献参考1,Polymorphism information content(PIC)用于衡量标记的多态性,PIC值取决于等位基因的个数和等位基因的频率分布两个因素,因此用来反应基因的多样性。PIC值由Bostein 1980年公布的公式如下(参考文献2): and are allele frequencies at alleles i and j, respectively; is the number of alleles.计算步骤实际上是1减去每个pi和pj的平方和,再减去非重复取两个原创 2022-06-14 15:12:04 · 5937 阅读 · 3 评论 -
R包WGCNA---转录组WGCNA共表达网络构建(无表型计算提取网络)
R包WGCNA—转录组WGCNA共表达网络构建(无表型信息)最近有一个需求,需要使用多个分组的RNA-seq数据(包含CK在内共30个处理)进行共表达网络构建。将网上搜索的资料整理如下,作为记录。1. 下载R包WGCNA目前,共表达网络构建通常使用WGCNA这个R包,下载的时候按照官方文档即可。下载:当然也可以选择当前版本的R下继续安装,这就需要手动安装很多R包,最终完成安装,官网中也有相关的方法介绍。如果使用的Mac OS X系统,有时安装失败,也要重新安装才行【1】。为了方便,我选择cond原创 2022-04-08 15:38:29 · 6243 阅读 · 8 评论 -
植物Cyverse数据存储注册及使用
Cyverse数据存储注册及使用1. Cyverse简介2. Cyverse注册3. Cyverse使用参考https://en.wikipedia.org/wiki/IPlant_Collaborativehttps://learning.cyverse.org/projects/data_store_guide/en/latest/index.html#原创 2022-03-11 16:01:34 · 1816 阅读 · 0 评论 -
VCFtools安装和简单试用
VCFtools安装和使用日期:2022-1-211. 下载安装VCFtools在官网(https://vcftools.github.io/index.html)下载VCFtools安装包,下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html,该网页内界面如下所示,方框内为下载按钮。如果点击的是View On GitHub需要进入release中寻找最新版本(https://github.com/vcftools/vcftools/releases/tag原创 2022-01-21 23:02:43 · 12523 阅读 · 9 评论 -
RNAseq---Hisat2 标准输出中比对率信息解读
RNA-Seq—Hisat2 标准输出中比对率信息解读HISAT2是速度、敏感性和比对率方面比较优秀的比对软件,通常用于比对二代测序产生的RNA-Seq数据。在实际使用时需要统计HISAT2需要对结果中的比对率统计,HISAT2完成比对后标准输出如下:HISAT2 summary stats: Total pairs: 11587225 Aligned concordantly or discordantly 0 time: 4464083原创 2021-12-02 15:05:22 · 8927 阅读 · 1 评论