简介
BrainNet Viewer 是一款神经科学领域的可视化软件,它是用于网络脑图可视化的Matlab工具箱,为用户提供了一个灵活的环境来显示3D神经影像数据。通过BrainNet Viewer,研究人员可以轻松展示不同的数据,比如功能和结构连接、体积渲染、以及脑皮层表面数据等。
软件特点主要包括:
- 显示脑网络的节点和边
- 支持多种数据格式,例如NIfTI和MAT文件
- 允许同时呈现体素和表面数据
- 提供3D交互式脑图和多种视角
- 易于使用且有丰富的用户指导文档和社区支持
使用方法大致如下:
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准备数据:确保已将脑网络数据、结构性/功能性MRI数据等准备妥当,并转换成软件支持的格式。
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安装:下载BrainNet Viewer软件,并在MATLAB环境中运行安装脚本(如果有的话)或将BrainNet Viewer的文件夹添加到MATLAB的路径中。
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启动软件:在MATLAB命令窗口直接输入
BrainNet
来启动BrainNet Viewer。 -
加载文件:在软件界面加载相应的脑图文件。这些文件可能包括脑表面文件、节点文件、边文件等。
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调整视图与参数:利用软件提供的各种工具和选项来调整节点和边的显示,例如改变颜色、大小和透明度等。
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导出:调整完毕后,可以将你的脑图导出为多种格式的图像文件,如JPG、PNG或TIFF等。
安装
https://www.nitrc.org/projects/bnv/
- 在上面官方网站下载并解压后放入matlab的文件目录下
- 在 matlab 中设置路径
- 在 matlab 命令行输入 BrainNet 即可运行
使用
- 点击左上角 File 中的 Load File
- 点击 Browse 选择对应文件,注意下载后的 BrainNetxxx 工具包中的toolbox有可以直接运行的示例文件 Suface file、node file、edge file、Mapping file 都有,可以直接选择运行
- 选择好文件点击 OK 后,进行到参数设置页面,在这个页面可以进行各种参数的详细设置,比如选择什么样的节点展示,颜色等等
- 点击 OK 后进行绘画,点击保存按钮可以导出为想要的格式