GWAS 分析Fst画图

最新推荐文章于 2023-11-02 14:42:53 发布
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分类专栏： 生物信息学
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细雨春风
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专栏目录
kaldi中FST的可视化-以yesno为例
u013677156的专栏
09-08 1万+
1、kaldi解码过程 kaldi识别解码一段语音的过程是：首先提取特征，然后过声学模型AM，然后过解码网络HCLG.fst，最后输出识别结果。 HCLG是解码时的重要组成部分。HCLG.fst是由4个fst经过一系列算法（组合、确定化和最小化等）组合而成的。4个fst分别是H.fst、C.fst、L.fst和G.fst，分别是HMM模型、上下文环境、词典和语言模型对应的fst。 HCLG
Fst的计算原理与实战
hs6605015的博客
08-28 1万+
概念回顾 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为两个种群间是随机交配的，基因型完全相似；为1则表示是完全隔离的，完全不相似。它往往从基因的多样性来估计，比如SNP或者microsatellites(串联重复序列一种，长度小于等于10bp)。是一种以哈温平衡为前提的种群遗传学统计方法。 两个种群之间遗传差异的基本测量是统计量FST。在遗传学中，F一词通常代表“近亲繁殖”，它倾向于减少群
manhattan-plots：此仓库提供了有关如何在python中使用固定索引（fst）值绘制曼哈顿图的教程。
03-03
曼哈顿图 此仓库提供了有关如何使用Python创建人口遗传学变异测度（例如固定指数（fst）和TajimaD值）的曼哈顿图的教程
fstdraw fstprint fstinfo
chenxi910911的博客
07-22 1153
fst两个基本命令 fstprint和fstdraw是可视化的两个基本命令 fstprint用于打印fst，可以将二进制的fst以文件形式打印出来。Fstprint的基本用法如下 fstprint [–isymbols=xxxx --osymbols=xxxx ] FST 参数—isymbols和—osymbols分别表示输入符号表和输出符号表，这两个参数可以省略。 fstdraw用于画fst...
FST图的理解
格桑08的博客
02-12 2783
一、引言 最近在使用kaldi搭建语音识别系统，想把关于语音识别的相关知识点记录下来，加深自己的记忆与理解。 在语音识别中经常会遇到.fst文件，openFst，WFST等，那FST是什么鬼呢？如何理解它们呢？ FST（finite-state transducers,有限状态机） WFST（weighted finite-state transducers,加权有限状态机） 二、FST图的理解 ...
二代测序群体进化-GWAS分析及案例解析
点滴生信的博客
03-07 1万+
群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理 PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一种使用最广泛的数据降维算法。PCA的主要思想是将n维特征映射到k维上，这k维是全新的正交特征也被称为主成分，是在原有n维特征的基础上重新构造出来的k维特征。PCA的工作就是从原始的空间中顺序地找一组相互正交的坐标轴，新的坐标轴的选择与数据本身是密...
生物信息学数据分析 GWAS
04-04
7. **GWAS集成分析**：当单一GWAS研究无法找到具有统计学意义的关联信号时，可以采用GWAS集成分析，将多个独立研究的结果合并，提高检测信号的强度。 8. **GWAS荟萃分析**：通过汇集多个GWAS研究的数据，可以增加...
TASSEL GWAS分析用的
03-31
TASSEL GWAS分析用的
GWAS分析软件GAPIT使用说明
08-28
GAPIT是一款由康奈尔大学开发的基因组关联分析和预测工具，专为基因型-表型关联研究、群体结构分析以及连锁不平衡分析而设计。这款软件采用了一系列先进的统计方法，包括线性模型、广义线性模型和随机森林等，适用于...
gwaR:R函数的集合，用于对拟南芥进行下游GWAS分析
04-19
R函数的集合进行拟南芥的下游GWAS分析。 关于 该软件包提供了用于快速分析GWAS表的功能。 默认情况下，此软件包与用于变体表的1001genomes API交互，但也可以处理本地SNPmatrix（需要为fst格式）。 注释是从软件包...
Fst_sliding_window:在R中执行Fst滑动窗口分析的代码。此代码涵盖从执行分析到可视化结果的所有内容
04-13
Fst_sliding_window
qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图
02-05
QQMan是一款专为R语言设计的包，主要功能是帮助用户根据基因组广泛关联研究（Genome-Wide Association ...通过熟练掌握这个包，遗传学家和生物信息学家可以更高效地分析和展示GWAS数据，从而推动遗传学研究的进步。
R语言|CMplot包绘制环形曼哈顿图
weifanbio的博客
05-24 4210
今天小编给大家分享的是R语言绘制环形曼哈顿图的方法，主要用到的是CMplot包，它是绘制SNP密度、曼哈顿图和QQ图的一个很实用的R包。大家感兴趣的话可以瞅瞅。 绘图示例 1、安装并加载R包； #下载安装"CMplot"包 install.packages("CMplot") library(CMplot) #设置工作路径 setwd("D:\\Rdemo\\CMplot") 2、数据集准备； #pig60K是CMplot包自带的数据集 data(pig60K) #查看数据 head(pig60K) da
fst-graph
cug_coffee的博客
03-05 425
这里就直接贴上代码了。 digraph G { node [shape = circle] 0 -> 1 [ label = sil ] 0 -> 2 [ label = w ] 1 -> 1 [ label = sil ] 1 -> 2 [ label = w ] 2 -> 2 [ label = w ] 2 -> 3 [ labe...
gcta计算FST、python绘图
最新发布
weixin_43902858的博客
11-02 212
实际研究中，Fst为0～0.05:群体间遗传分化很小，可以不考虑；Fst为0.05～0.15，群体间存在中等程度的遗传分化；Fst为0.15~0.25，群体间遗传分化较大；Fst为0.25以上，群体间有很大的遗传分化。
全了！！曼哈顿图样样式、方法大汇总，超简单~~
Python数据之道
08-16 5006
最近小编在后台看到有的小伙伴留言咨询曼哈顿图(Manhattan Plot) 的绘制方法，小编一开始也是比较不了解，奈何我又是一个宠读者的小编，这就汇总了曼哈顿图(Manhattan Plot) R和Python的绘制方法，和大家一起进步。主要内容如下：曼哈顿图(Manhattan Plot)简介曼哈顿图(Manhattan Plot) R绘制方法曼哈顿图(Manhattan Plot) Pyth...
R语言画图大全(实战3,6,11)
Trisyp的博客
03-23 5525
摘自：R语言实战，Robert I. Kabacoff 著，高涛、肖楠、陈钢译
3分钟掌握曼哈顿图的绘制
庐州月光的博客
10-09 4294
欢迎关注”生信修炼手册”!作为一种经典的可视化方式，曼哈顿图使用广泛，在GWAS分析中随处可见，本文就来揭秘曼哈顿图绘制的核心方法。曼哈顿图的命名得益于其形状，和纽约市曼哈顿区鳞次栉比的...
[Matlab科学绘图] 由欧拉角绘制极图和反极图
热门推荐
404万事屋
03-14 1万+
因为科研需要，需要自己仿真产生一些晶粒方向，并对其进行极图和反极图展示，在小木虫上找到一个matlab工具包mtex，利用此工具包可以绘制极图和反极图，但是并没有现成的程序可供参考，于是自己摸索出可以利用欧拉角绘制极图和反极图，记录于此供大家交流学习。 Mtex工具包网址：https://mtex-toolbox.github.io/ 欧拉角数据参考小木虫上已有的：http://muchong...
GWAS meta分析代码
06-07
GWAS meta分析是一种将多个基因组关联研究结果进行综合分析的方法，以下是一个Python脚本的例子，用于进行GWAS meta分析： ```python import pandas as pd import numpy as np import statsmodels.api as sm # 读取所有研究的GWAS结果文件 study1 = pd.read_csv("study1.csv") study2 = pd.read_csv("study2.csv") study3 = pd.read_csv("study3.csv") # 将每个研究的p值进行变换，转化为z值 study1["z"] = np.sqrt(2) * sm.stats.proportion.proportions_ztest(study1["n_cases"], study1["n_total"], value=study1["OR"])[0] study2["z"] = np.sqrt(2) * sm.stats.proportion.proportions_ztest(study2["n_cases"], study2["n_total"], value=study2["OR"])[0] study3["z"] = np.sqrt(2) * sm.stats.proportion.proportions_ztest(study3["n_cases"], study3["n_total"], value=study3["OR"])[0] # 将每个研究的z值和样本量进行合并 meta_data = pd.concat([study1[["SNP", "z", "n_cases", "n_total"]], study2[["SNP", "z", "n_cases", "n_total"]], study3[["SNP", "z", "n_cases", "n_total"]]]) # 计算每个SNP的z值和加权样本量 meta_data["wz"] = meta_data["z"] * np.sqrt(meta_data["n_cases"] + meta_data["n_controls"]) meta_data["w"] = np.sqrt(meta_data["n_cases"] + meta_data["n_controls"]) # 计算meta分析的z值和p值 meta_z = meta_data["wz"].sum() / meta_data["w"].sum() meta_p = 2 * (1 - sm.stats.norm.cdf(abs(meta_z))) # 输出meta分析结果 print("Meta-analysis result:") print("z value: ", meta_z) print("p value: ", meta_p) ``` 这个脚本首先读取每个研究的GWAS结果文件，将每个研究的p值转化为z值，然后将每个研究的z值和样本量进行合并，计算每个SNP的加权z值和加权样本量，最后计算meta分析的z值和p值，输出结果。需要注意的是，不同研究的样本量、OR值等参数可能存在差异，需要根据具体情况进行调整。

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