Fst, pi, TajimaD plink 计算

Fst, pi, TajimaD 计算

 

首先使用vcftools 计算出来各个各个值

vcftools --vcf test.vcf  --window-pi 3000  --out test

vcftools --vcf test.vcf  --TajimaD 3000  --out test

vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop p1.txt --weir-fst-pop p2.txt --fst-window-size 3000 --out test 

 

 

然后使用R进行画图