一个比较好用的RNA seq在线分析工具iDEP

最新推荐文章于 2025-03-14 21:11:17 发布
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分类专栏： 生物信息学
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高通量测序数据分析：RNA-seq
qq_41134363的博客
06-20 3万+
深度测序相关数据库与数据格式 SRA toolkit 一、NCBI 和EBI、DDBJ组成INSDC，数据内容相同所以找NCBI就行。 （一）NCBI常用数据库 GenBank：遗传序列数据库，收集了所有公开的DNA序列及其注释 GEO (Gene Expression Omnibus) ：收集整理各种表达芯片数据，后来加入了甲基化、lncRNA、miRNA、CNV等其他芯片，还有高通量测序数据...
RNA-seq数据分析（分析策略，比对，转录组组装，转录本定量）
weixin_43927366的博客
03-13 6621
分析策略通过综合分析RNA-seq分析流程中不同步骤的工具性能发现不同的分析工具和方法对分析结果的准确度和分析时间影响巨大。HISAT2表现出最快的速度和最准确的拼接比对，但是没有STAR的敏感度高。StringTie在速度和准确度上都优于Cufflinks。长读段方法如IDP和Iso-Seq会识别许多短读段技术没有识别到的多外显子转录本，但是会丢失一些单外显子转录本。通常，在从头组装工具中，Oases表现最佳。不经过比对的工具如和kallisto。
RSEM：RNA-Seq数据分析的强大工具
gitblog_01029的博客
08-16 718
RSEM：RNA-Seq数据分析的强大工具 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rs/RSEM 项目介绍 RSEM（RNA-Seq by Expectation-Maximization）是一个用于从RNA-Seq数据中估计基因和转录本表达水平的软件包。它提供了一个用户友好的界面，支持多线程并行计算，处理单端和双端读取数据，质量分数，可变长度读取和RSPD估计。...
差异表达分析三剑客：DESeq2、edgeR、limma到底该怎么选？
最新发布
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
03-14 916
但不同类型的数据在软件选择上存在差异，即便是利用便捷的在线工具，也应当关注选用不同软件可能对结果产生的不同影响。将RNA-seq计数数据转换为连续值后，使用线性模型分析。适合处理多因素实验设计（如时间序列、药物梯度），例如在分析不同浓度药物处理的转录组数据时，可直接在模型中纳入浓度作为协变量。：通过负二项分布模型和自动离散度估计：先极大似然估计，再拟合趋势线，最后修正异常值，特别擅长处理低重复样本。在RNA-seq、微阵列等基因差异表达分析中，DESeq2、edgeR和limma是最常用的三大工具。
开源的RNA-Seq分析软件Trinity的详细介绍和使用方法
zrc_xiaoguo的博客
01-10 4799
Trinity是一种开源的RNA-Seq分析软件，用于转录组的de novo组装。转录组de novo组装是通过将RNA-Seq数据中的短序列片段（reads）重新组装成完整的转录本（transcript）的过程。Trinity的主要功能和作用如下：转录本组装：Trinity可以将RNA-Seq数据中的reads重新组装成完整的转录本。它通过比对和组装过程，将reads组装成相应的转录本，并生成一个转录本集合。这些转录本可以用于进一步的分析和注释。
零基础RNA-seq分析
downover的博客
05-28 964
RNA-seq分析：STAR STAR的使用分为两步： 1 构建基因组index 2 把测序reads回帖到基因组
RNA-Seq数据分析使用方法
weixin_73362123的博客
03-03 2101
质量问题通常来自测序本身或前面的文库制备。包括： 可信度低的碱基 序列特异性的偏差 3’/5’位置偏差 聚合酶链反应(PCR)假象 未修剪的接头 序列污染 通过过滤、修剪、纠错或偏差订正被矫正。 质量控制和预处理软件 1FastQC 输入文件可以是FASTQ(未压缩或压缩的)或SAM/BAM文件。生成html的质量报告，包括： 读段的数目及质量编码 可视化有关碱基质量和内容 读取长度及k-mer内容 有含糊不清的碱基 过度代表的序列和重复的信息 1.2html结果文件解读 左侧会有Summary可以
RNA-seq数据分析实用方法(2015)
10-11
《RNA-seq数据分析实用方法》是一本针对RNA-seq技术的数据分析指南，该书涵盖了从数据获取、预处理到生物信息学分析等各个环节的方法与技巧。本书不仅适合初学者快速入门，也为高级研究人员提供了深入的技术细节和...
SARTools：RNA-Seq工具的统计分析
02-05
SARTools（Statistical Analysis for RNA-Seq Tools）是一个专门针对RNA-Seq数据进行统计分析的工具集，旨在帮助生物信息学家和研究人员对实验结果进行深入、准确的解读。在本篇文章中，我们将详细介绍SARTools在RNA...
RNAseqR:RNA-seq表达分析工具-开源
04-28
RNAseqR专为RNA-seq数据的表达分析而设计，最适合分析多个未复制的文库。 它是当前为Linux系统编译的C ++编码程序。 借助GUI和命令行界面，它可以使用负二项式累积分布函数（CDF）或R检验统计量进行log，PPM和/或...
rnaseq:RNA-seq分析
04-28
RNA-seq管线 设置 在raw运行中，先执行./fetch_data.sh ，然后执行./create_index.sh 。 在src运行./fetch_binaries.sh （需要的MacOS或Linux）， ./setup_samtools.sh和./setup_rsem.sh （需要各种库编译）。 ...
idep
03-26
滑动启动器 我的幻灯片的代码库。 用构建的站点。 使用构建的幻灯片。 发展 安装Middleman： gem install middleman Middleman 安装依赖项： bundle install 运行： bundle exec middleman 用Github Pages发布 rake build # Compile all files into the build directory rake publish # Build and publish to Github Pages
RNA-seq数据库（ChatGPT）
SN的博客
12-24 985
截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。请注意，这只是一小部分可用的RNA-seq数据库。领域中仍然存在其他专门化的数据库，以及不断有新的数据库涌现。因此，你可能需要查看最新的文献和资源以获取更新的信息。
探秘RNA-seq分析：一个全方位的开源工具箱
gitblog_00043的博客
05-17 405
探秘RNA-seq分析：一个全方位的开源工具箱 RNA-seq-analysisRNAseq analysis notes from Ming Tang项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rn/RNA-seq-analysis RNA-seq技术正在基因表达研究领域发挥着核心作用，它提供了对转录组全面而细致的洞察。今天，我们将深入探讨一个专门为RNA-seq数...
智能数据交换平台（IDEP）
Dreamer博文
09-06 3723
智能数据交换平台分布式部署技术文档目录 1.智能交换平台定义。 2.分布式软件部署规划（根据实际服务器情况规划） 3.用户名规划、部署 1.智能交换平台定义：智能数据交换平台(FS-IDEP)是计费域的控制类核心网元,是整个业务支撑网的数据传输枢纽,用于实现处于两级体系架构中的异构网元之间、新老网元之间信息透明交换. 简单点来说是用于文件类和消息类的传输。2.分布式软件部署
在线绘制RNA-seq，microarray基因表达谱聚类热图heatmap
微生信
09-22 4388
聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster（聚类）、 heatmap（热图）两个词表达的是同一个意思，往往相互替代。然而这两个词还是有区别的，cluster是数据处理，heatmap是数据展示。
RNA-seq数据上游分析流程（从原始数据开始）
热门推荐
weixin_40640700的博客
03-25 3万+
数据分析的基本思路 （1）从ncbi的geo或者其它数据库中查找自己感兴趣的RNASeq数据，至少要求给出如下信息： 该套数据所发表的文章的名字： 该套数据的下载网址： 该套数据基本情况介绍（简介以及该套数据包含多少个样本，分为多少种类型，以及每种类型有多少个样本） （2）对芯片数据进行质量控制评价及处理（如果质量差的话，每个样本都应该处理）， 可以用软件Fastqc+Trimmomatic配合使用,也可以用其它软件替换 （3）用TopHat2 + Cufflinks+Hisat系列软件进.
探索基因奥秘：iDEP和ShinyGO Web服务器
gitblog_00042的博客
06-23 597
探索基因奥秘：iDEP和ShinyGO Web服务器 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 在这个数据驱动的科学时代，如何让生物信息学的数据为你讲述故事？iDEP与ShinyGO——这两个交互式的基因组数据分析工具，提供了解答之道。 项目介绍 iDEP 和 ShinyGO 是两个基于Web的应用程序，专门用于处理和解读RNA-seq和其他转录组学数据以及基因列表的富集分...
[IDE]IntelliJ IDEA 使用教程(2019图文版) -- 从入门到上瘾
疯一样的女子
06-18 1690
前言：IntelliJ IDEA 如果说IntelliJ IDEA是一款现代化智能开发工具的话，Eclipse则称得上是石器时代的东西了。其实笔者也是一枚从Eclipse转IDEA的探索者，随着近期的不断开发实践和调试，逐步体会到这款智能IDE带来的巨大开发便利，在强大的插件功能支持下，诸如对Git和Maven的支持简直让人停不下来，各种代码提示，包括JS更是手到擒来，最终不得不被这款神奇的I...
RNA-seq分析管线设置与工具使用指南
- **kallisto**：Kallisto是一个快速的量化工具，可以用于替代传统的基于比对的RNA-seq分析流程。 #### 测试数据 文件中提到了一组用于RNA-seq分析的测试数据，以SRA RUN ID进行命名，如ERR188044、ERR188104等。...
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